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- PDB-1sos: ATOMIC STRUCTURES OF WILD-TYPE AND THERMOSTABLE MUTANT RECOMBINAN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sos
タイトルATOMIC STRUCTURES OF WILD-TYPE AND THERMOSTABLE MUTANT RECOMBINANT HUMAN CU, ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
要素SUPEROXIDE DISMUTASEスーパーオキシドディスムターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (SUPEROXIDE ACCEPTOR)
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / superoxide anion generation / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / retrograde axonal transport / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / superoxide metabolic process / heart contraction / スーパーオキシドディスムターゼ / positive regulation of catalytic activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / neuronal action potential / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / reactive oxygen species metabolic process / 着床 / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / : / positive regulation of superoxide anion generation / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / locomotory behavior / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / placenta development / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / ミトコンドリア / small GTPase binding / 血圧 / negative regulation of inflammatory response / ペルオキシソーム / Platelet degranulation / 遺伝子発現 / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Parge, H.E. / Hallewell, R.A. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Atomic structures of wild-type and thermostable mutant recombinant human Cu,Zn superoxide dismutase.
著者: Parge, H.E. / Hallewell, R.A. / Tainer, J.A.
履歴
登録1992年2月11日処理サイト: BNL
改定 1.01993年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
Remark 700SHEET THE SHEETS PRESENTED ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT-STRANDED BETA-BARRELS. EACH ...SHEET THE SHEETS PRESENTED ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT-STRANDED BETA-BARRELS. EACH ONE IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPEROXIDE DISMUTASE
F: SUPEROXIDE DISMUTASE
B: SUPEROXIDE DISMUTASE
G: SUPEROXIDE DISMUTASE
C: SUPEROXIDE DISMUTASE
H: SUPEROXIDE DISMUTASE
D: SUPEROXIDE DISMUTASE
I: SUPEROXIDE DISMUTASE
E: SUPEROXIDE DISMUTASE
J: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,53632
ポリマ－158,05510
非ポリマー1,48222
水8,989499
1
A: SUPEROXIDE DISMUTASE
F: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9657
ポリマ－31,6112
非ポリマー3545
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13630 Å2
手法PISA
2
B: SUPEROXIDE DISMUTASE
G: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8696
ポリマ－31,6112
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
3
C: SUPEROXIDE DISMUTASE
H: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8696
ポリマ－31,6112
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
4
D: SUPEROXIDE DISMUTASE
I: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9657
ポリマ－31,6112
非ポリマー3545
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
5
E: SUPEROXIDE DISMUTASE
J: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8696
ポリマ－31,6112
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.200, 167.000, 145.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9827, 0.008, 0.185), (0.0182, -0.9901, 0.1394), (0.1843, 0.1403, 0.9728)120.63, 56.458, -15.304
2given(-0.4637, -0.8858, 0.0151), (0.886, -0.4637, 0.0082), (-0.0002, 0.0172, 0.9999)106.406, -66.096, 0.017
3given(0.467, 0.8674, 0.1719), (-0.8837, 0.4509, 0.1257), (0.0315, -0.2106, 0.9771)15.104, 123.625, -4.286
4given(-0.5349, 0.8427, 0.0608), (-0.8444, -0.5357, -0.0032), (0.0299, -0.053, 0.9981)111.294, 61, -3.262
5given(0.5227, -0.8385, 0.1541), (0.8329, 0.5408, 0.1176), (-0.1819, 0.0669, 0.981)10.876, -2.131, 11.151
6given(-0.981, -0.0269, -0.1923), (0.0282, -0.9996, -0.004), (-0.1922, -0.0094, 0.9813)208.836, 28.442, 29.487
7given(0.9361, 0.0076, 0.3515), (-0.0569, 0.9899, 0.1301), (-0.347, -0.1419, 0.9271)-79.86, 33.912, 53.157
8given(0.4766, 0.879, 0.0103), (-0.8779, 0.4766, -0.0466), (-0.0458, 0.0132, 0.9989)-19.714, 102.413, 9.159
9given(-0.4753, -0.8659, 0.1556), (0.876, -0.4494, 0.1752), (-0.0818, 0.2196, 0.9722)142.207, -44.744, 5.365

-
要素

#1: タンパク質
SUPEROXIDE DISMUTASE / スーパーオキシドディスムターゼ


分子量: 15805.468 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P00441, スーパーオキシドディスムターゼ
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.8 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMpotassium phosphate1drop
22 %(w/v)protein1drop
350 mMTris-HCl1reservoir
450 mM1reservoirNaCl
50.1 mMEDTA1reservoir
60.01 %1reservoirNaN3

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.48 Å / Num. obs: 77344 / % possible obs: 88.4 % / Num. measured all: 742579

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.202 / 最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11120 0 30 499 11649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: XPLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 63790 / σ(F): 3 / Rfactor Rwork: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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