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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sla | |||||||||
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タイトル | X-RAY CRYSTALLOGRAPHY REVEALS CROSSLINKING OF MAMMALIAN LECTIN (GALECTIN-1) BY BIANTENNARY COMPLEX TYPE SACCHARIDES | |||||||||
要素 | BOVINE GALECTIN-1 | |||||||||
キーワード | COMPLEX(LECTIN/SACCHARIDE) / COMPLEX(LECTIN-SACCHARIDE) / COMPLEX(LECTIN-SACCHARIDE) complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / laminin binding / carbohydrate binding / apoptotic process / extracellular space / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Bourne, Y. / Cambillau, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crosslinking of mammalian lectin (galectin-1) by complex biantennary saccharides. 著者: Bourne, Y. / Bolgiano, B. / Liao, D.I. / Strecker, G. / Cantau, P. / Herzberg, O. / Feizi, T. / Cambillau, C. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Soluble 14kDa Beta-Galactoside-Binding Lectin from Bovine Heart 著者: Bourne, Y. / Bolgiano, B. / Nesa, M.-P. / Penfold, P. / Feizi, T. / Cambillau, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sla.cif.gz | 64.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sla.ent.gz | 52.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sla.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/1sla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/1sla | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.52389, 0.00263, -0.851), ベクター: 詳細 | GALECTIN-1 MOLECULE EXISTS AS A DIMER. IN THE HEXAGONAL FORM, THERE IS ONE DIMER PRESENT IN THE ASYMMETRIC UNIT. EACH MONOMER CONSISTS OF 134 AMINO ACID RESIDUES, ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS A AND B. THE TWO MONOMERS ARE RELATED BY A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS. ONE OLIGOSACCHARIDE UNIT IS PRESENTED PER DIMER. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14627.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: HEART心臓 / 参照: UniProt: P11116 #2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE N-ACETYLLACTOSAMINE UNIT LOCATED AT THE EXTREMITY OF EACH ANTENNA BINDS TO A DIFFERENT MONOMER ...THE N-ACETYLLACT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.35 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown / PH range low: 6 / PH range high: 5 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 15 % / 一般名: PEG |
-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.45 Å / Num. obs: 14407 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 99000 / Rmerge(I) obs: 0.13 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.45→6 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.46 |