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Yorodumi- PDB-4n18: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4n18 | ||||||
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Title | Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein from Klebsiella pneumoniae 342 | ||||||
Components | D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.97 Å | ||||||
Authors | Bacal, P. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Majorek, K.A. / Osinski, T. / Hillerich, B.S. / Hammonds, J. / Nawar, A. / Stead, M. / Chowdhury, S. ...Bacal, P. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Majorek, K.A. / Osinski, T. / Hillerich, B.S. / Hammonds, J. / Nawar, A. / Stead, M. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein from Klebsiella pneumoniae 342 Authors: Bacal, P. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Majorek, K.A. / Osinski, T. / Hillerich, B.S. / Hammonds, J. / Nawar, A. / Stead, M. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4n18.cif.gz | 135.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4n18.ent.gz | 111.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4n18.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/4n18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/4n18 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37080.184 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Strain: 342 / Gene: KPK_1152 / Plasmid: pSGC-His / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)RIL / References: UniProt: B5XVG7 |
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#2: Chemical | ChemComp-PE4 / |
#3: Chemical | ChemComp-CIT / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5mM TCEP were mixed with 0.2 ul of The MCSG-I condition #88 (0.1M Sodium Citrate:HCL pH 5. ...Details: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5mM TCEP were mixed with 0.2 ul of The MCSG-I condition #88 (0.1M Sodium Citrate:HCL pH 5.6, 20% (v/v) 2-Propanol, 20% (w/v)PEG 4000) and equilibrated against 1.9 M NaCl in QIAGEN EasyXtal 15-Well Tool plate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97912 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 20, 2013 Details: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, with Pt, glass, Pd lanes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97912 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.97→50 Å / Num. all: 22004 / Num. obs: 21916 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Χ2: 1.961 / Net I/σ(I): 44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.97→35.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.463 / SU ML: 0.129 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.155 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.44 Å2 / Biso mean: 45.1758 Å2 / Biso min: 27.26 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→35.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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