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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s5i | ||||||
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タイトル | Fab (LNKB-2) of monoclonal antibody to Human Interleukin-2, crystal structure | ||||||
要素 | (Fab-fragment of monoclonal antibody) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / monoclonal antibody (モノクローナル抗体) / antigen-binding fragment / interleukin-2 (インターロイキン-2) / x-ray analysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Pletnev, V.Z. / Goryacheva, E.A. / Tsygannik, I.N. / Nesmeyanov, V.A. / Pletnev, S.V. / Pangborn, W. / Duax, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg. Khim. タイトル: [A new crystal form of the Fab fragment of a monoclonal antibody to human interleukin-2: the three-dimensional structure at 2.7 A resolution]. 著者: Pletnev, V.Z. / Goriacheva, E.A. / Tsygannik, I.N. / Nesmeianov, V.A. / Pletnev, S.V. / Pangborn, W. / Daux, W. #1: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 2000 タイトル: Spatial structure of a Fab-fragment of a monoclonal antibody to human interleukin-2 in two crystalline forms at a resolution of 2.2 and 2.9 angstroms 著者: Fokin, A.V. / Afonin, P.V. / Mikhailova, I.Y. / Tsygannik, I.N. / Mareeva, T.Y. / Nesmeyanov, V.A. / Pangborn, W. / Lee, N. / Duax, W. / Siszak, E. / Pletnev, V.Z. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of an anti-interleukin-2 monoclonal antibody Fab complexed with an antigenic nonapeptide 著者: Afonin, P.V. / Fokin, A.V. / Tsygannik, I.N. / Mikhailova, I.Y. / Onoprienko, L.V. / Michaleva, I.I. / Ivanov, V.T. / Mareeva, T.Y. / Nesmeyanov, V.A. / Li, N. / Pangborn, W. / Duax, W. / Pletnev, V.Z. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The sequence of this protein was not deposited into any sequence database. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s5i.cif.gz | 97.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s5i.ent.gz | 74.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/1s5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/1s5i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1f8tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24203.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma |
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#2: 抗体 | 分子量: 23869.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma / 参照: UniProt: P01869 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG-8000, ZnAc, NaN3, Na(CH3)2AsO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→41.5 Å / Num. all: 14370 / Num. obs: 14370 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.76 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Num. unique all: 879 / % possible all: 88.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1F8T 解像度: 2.7→41.5 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Cross validation maximum likelihood simulated annealing refinement (CNS package)
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.43 Å / Luzzati sigma a obs: 0.55 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.5 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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