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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s0g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of botulinum neurotoxin type B apo form | ||||||
要素 | Botulinum neurotoxin type B | ||||||
キーワード | Toxin (毒素) / hydrolase (加水分解酵素) / botulinum (ボツリヌストキシン) / neurotoxin (神経毒) / pH / metals | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / タンパク質分解 / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Eswaramoorthy, S. / Kumaran, D. / Keller, J. / Swaminathan, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins 著者: Eswaramoorthy, S. / Kumaran, D. / Keller, J. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s0g.cif.gz | 275.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s0g.ent.gz | 218.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s0g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/1s0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/1s0g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 150833.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 株: type B / 参照: UniProt: P10844, ボツリヌストキシン |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 4000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法詳細: Swaminathan, S., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 1024. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 49302 / Num. obs: 49302 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.166 / Num. unique all: 4771 / % possible all: 97.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 172822 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EPW 解像度: 2.6→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 2 % / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.21 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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