PDB-1rxu: E. coli uridine phosphorylase: thymidine phosphate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rxu

タイトル

E. coli uridine phosphorylase: thymidine phosphate complex

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

pentosyltransferase /

uridine phosphorylase /

thymidine (チミジン) /

induced fit (酵素反応) / specificity /

potassium (カリウム)

機能・相同性

機能・相同性情報

uridine catabolic process /

uridine phosphorylase / nucleotide catabolic process / UMP salvage /

uridine phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process /

purine-nucleoside phosphorylase activity /

potassium ion binding / DNA damage response / protein-containing complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Caradoc-Davies, T.T. / Cutfield, S.M. / Lamont, I.L. / Cutfield, J.F.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of escherichia coli uridine phosphorylase in two native and three complexed forms reveal basis of substrate specificity, induced conformational changes and influence of potassium
著者: Caradoc-Davies, T.T. / Cutfield, S.M. / Lamont, I.L. / Cutfield, J.F.

履歴

登録	2003年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rxu.cif.gz	859.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rxu.ent.gz	709.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rxu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/1rxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/1rxu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rxcC 1rxsC 1rxyC 1t0uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tgv-1 1u1f-d 4yjk-d 2rj3-d 4ip0-d 1tgy-1 5c80-d 1u1c-d 1rxy-1 4oeh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

C: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

E: Uridine phosphorylase

F: Uridine phosphorylase

G: Uridine phosphorylase

H: Uridine phosphorylase

I: Uridine phosphorylase

J: Uridine phosphorylase

K: Uridine phosphorylase

L: Uridine phosphorylase

M: Uridine phosphorylase

N: Uridine phosphorylase

O: Uridine phosphorylase

P: Uridine phosphorylase

Q: Uridine phosphorylase

R: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

496 kDa, 18 ポリマー
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1

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

C: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

E: Uridine phosphorylase

F: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Uridine phosphorylase

H: Uridine phosphorylase

I: Uridine phosphorylase

J: Uridine phosphorylase

K: Uridine phosphorylase

L: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

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165 kDa, 6 ポリマー
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3

M: Uridine phosphorylase

N: Uridine phosphorylase

O: Uridine phosphorylase

P: Uridine phosphorylase

Q: Uridine phosphorylase

R: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	156.244, 97.655, 161.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 4 - 253 / Label seq-ID: 4 - 253

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase / / UrdPase / UPase 分子量: 27189.055 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現詳細: This structure consists of eighteen monomers, all of which are in the closed conformation containing substrate (thymidine and phosphate). Due to the large size of the model it was refined ...詳細: This structure consists of eighteen monomers, all of which are in the closed conformation containing substrate (thymidine and phosphate). Due to the large size of the model it was refined using a template model, and shell scripts were written to create the 18 monomer model from this input model using the ncs operators relating each monomer to the template. The 18 monomer model was then refined using refmac5 and ncs restraints were applied as a tight positional (0.05A) and loose thermal (5.0A3) restraints. These restraints, along with tls restraints where each monomer was treated as a separate tls domain, were applied with each monomer being restrained against the template model. 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UDP / プラスミド: pPROEX::pvdS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12758, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE / チミジン / チミジンタイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₂O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1062 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: batch method under oil / pH: 7.5 詳細: TRIS HCL, PEG4000, POTASSIUM ACETATE, THYMIDINE, POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.50, BATCH METHOD UNDER OIL, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 115 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月6日 / 詳細: OSMIC
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→41.89 Å / Num. all: 76410 / Num. obs: 76410 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 61.398 Å² / R_merge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 4.7
反射シェル	解像度: 3.1→3.26 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 5116 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: A SINGLE HEXAMER (CHAINS ABCDEF) OF THE 5-FLUOROURACIL PHOSPHATE UP COMPLEX MODEL.

解像度: 3.1→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 22.732 / SU ML: 0.397 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC (TLS REFINEMENT) / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.51 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS AND RESTRAINED REFINEMENT WAS CARRIED OUT USING REFMAC5.ALL 18 MONOMERS WERE REFINED USING NCS RESTRAINTS (TIGHT POSITIONAL (0.05A) AND LOOSE THERMAL (5.0A3) RESTRAINTS), AND EACH MONOMER ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22945	3824	5 %	RANDOM
R_work	0.21167	-	-	-
all	0.21256	72181	-	-
obs	0.21256	72181	97.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.192 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.81 Å²	0 Å²	0.33 Å²
2-	-	1.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.45 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.5104 Å	0.491 Å
Luzzati d res low	-	25 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33840	0	405	1062	35307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	34812
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.162	1.964	47304
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.707	5	4482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	5652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	25794
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	18128
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.123	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.648	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.451	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.715	1.5	22302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.447	2	35946
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.157	3	12510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.054	4.5	11358
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1939 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.04	0.05
2	B	tight positional	0.04	0.05
3	C	tight positional	0.04	0.05
4	D	tight positional	0.04	0.05
5	E	tight positional	0.04	0.05
6	F	tight positional	0.03	0.05
7	G	tight positional	0.04	0.05
8	H	tight positional	0.04	0.05
9	I	tight positional	0.03	0.05
10	J	tight positional	0.04	0.05
11	K	tight positional	0.04	0.05
12	L	tight positional	0.04	0.05
13	M	tight positional	0.04	0.05
14	N	tight positional	0.04	0.05
15	O	tight positional	0.03	0.05
16	P	tight positional	0.03	0.05
17	Q	tight positional	0.03	0.05
18	R	tight positional	0.03	0.05
1	A	tight thermal	0.06	0.5
2	B	tight thermal	0.07	0.5
3	C	tight thermal	0.07	0.5
4	D	tight thermal	0.06	0.5
5	E	tight thermal	0.05	0.5
6	F	tight thermal	0.05	0.5
7	G	tight thermal	0.07	0.5
8	H	tight thermal	0.06	0.5
9	I	tight thermal	0.06	0.5
10	J	tight thermal	0.06	0.5
11	K	tight thermal	0.07	0.5
12	L	tight thermal	0.07	0.5
13	M	tight thermal	0.06	0.5
14	N	tight thermal	0.06	0.5
15	O	tight thermal	0.05	0.5
16	P	tight thermal	0.05	0.5
17	Q	tight thermal	0.05	0.5
18	R	tight thermal	0.06	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.179 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	273	-
R_work	0.288	5116	-
obs	-	5116	95.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.01	0.228	0.1084	0.9407	0.6555	1.983	-0.0659	-0.3432	-0.096	0.24	-0.0105	-0.0922	0.1963	0.0804	0.0764	0.34	0.0787	-0.0144	0.2131	0.0148	0.1984	-1.312	-4.673	56.513
2	1.3577	0.2351	0.3988	0.7892	-0.1015	1.221	-0.0484	-0.1555	0.1861	0.08	0.0081	0.0637	-0.0126	-0.4348	0.0402	0.1465	0.0121	0.0589	0.179	-0.0457	0.1565	-19.757	0.728	40.682
3	1.9044	-1.3592	0.8527	0.9158	-1.2932	1.9013	0.0624	0.116	-0.1841	-0.1705	-0.1133	0.0207	0.3762	0.0218	0.0509	0.2162	0.008	0.0093	0.0286	-0.0249	0.1931	-13.661	-1.327	10.277
4	1.55	-0.1909	-0.6593	0.6582	0.6988	1.5783	-0.0487	0.1978	0.2929	-0.1807	-0.0398	-0.1972	-0.0067	0.1949	0.0885	0.2328	0.0075	0.0679	0.1605	0.0631	0.2421	9.407	4.439	2.841
5	2.3723	0.5538	-0.7946	0.3743	0.0901	0.4451	-0.0535	0.0117	-0.1525	0.0187	0.0082	-0.256	0.1521	0.1136	0.0453	0.2169	0.0638	0.0428	0.2455	0.0654	0.4098	32.666	-1.328	22.87
6	1.644	-0.6078	-0.1012	1.6863	-0.8547	1.8599	-0.094	-0.401	0.2653	0.2963	-0.0313	-0.3577	-0.108	0.4897	0.1252	0.228	0.0166	-0.1243	0.3944	-0.0015	0.4081	27.767	1.565	47.132
7	1.726	-0.3885	0.1627	0.4974	0.2633	1.2858	0.0633	-0.3667	-0.2222	0.027	0.0006	0.1272	0.2019	-0.0727	-0.064	0.1854	-0.0919	-0.0215	0.1231	0.0524	0.1719	-4.446	-4.626	148.182
8	2.682	1.0466	0.2818	0.9916	0.1175	1.007	0.0595	0.0333	0.377	-0.0256	0.0212	0.3535	-0.0926	-0.2634	-0.0807	0.1657	-0.0107	-0.0255	0.0968	0.0568	0.2707	-19.458	4.829	130.563
9	2.5268	-1.0221	-0.0215	2.2372	-1.2013	1.7546	0.1029	0.8356	0.0043	-0.4294	0.0897	0.2164	0.3592	-0.2434	-0.1926	0.3047	-0.0154	-0.1262	0.4886	0.1062	0.1462	-8.367	5.929	101.488
10	2.6459	0.0482	-0.2785	1.471	0.9561	2.3933	0.0772	0.9496	0.5076	-0.3663	-0.1119	0.013	-0.23	0.1222	0.0347	0.36	0.0986	-0.045	0.4867	0.1971	0.1583	16.139	9.971	98.685
11	1.8331	0.2791	-0.0633	0.8901	0.0077	0.5719	0.0997	0.2841	-0.1022	-0.234	-0.1246	0.01	0.1469	0.0267	0.025	0.2055	0.1036	0.0261	0.0665	0.0565	0.1478	34.905	-0.912	120.976
12	2.3011	-0.3542	-0.4583	1.1945	-0.9771	1.9986	0.0939	-0.4583	0.1897	0.0792	-0.2108	-0.1086	0.0434	0.2122	0.1168	0.139	-0.0325	-0.0474	0.0983	0.0362	0.1393	26.24	-0.875	144.325
13	1.8633	-0.7891	-0.2522	1.4455	1.1292	1.8624	-0.1303	-0.2325	-0.4034	0.1156	0.0904	0.1254	0.2821	0.0436	0.04	0.2324	0.0551	0.0882	0.1623	0.0778	0.2471	73.171	-6.193	101.938
14	2.573	1.3379	0.1835	0.7884	-0.1241	1.6277	0.042	-0.0287	0.0766	0.0364	-0.0324	0.3895	-0.2795	-0.1093	-0.0096	0.2239	0.0338	0.0189	0.1335	-0.0538	0.378	58.44	3.429	84.1
15	2.7084	-0.2773	0.1725	2.3747	-0.8066	1.6646	0.0241	1.1069	-0.3067	-0.3753	-0.0079	0.3418	0.0764	-0.0365	-0.0161	0.3547	-0.0009	-0.1149	0.6816	-0.1797	0.2377	70.051	4.297	55.197
16	3.3605	-0.3053	-0.4104	0.6196	0.8781	1.7989	-0.0126	1.1345	0.1173	-0.3147	0.0165	-0.0329	-0.377	0.3974	-0.0039	0.4762	-0.1115	0.0175	0.8745	-0.0707	0.1394	94.576	8.455	52.802
17	2.8745	0.7505	0.0367	1.3049	-0.2743	1.277	-0.0004	0.376	-0.4011	-0.2283	-0.0565	-0.088	0.0906	0.6092	0.0569	0.2167	0.0459	0.0938	0.6187	-0.1032	0.1644	113.033	-2.185	75.583
18	1.8524	-0.4594	-0.2203	1.5343	-0.4797	1.7548	-0.0931	-0.2525	-0.1694	0.0939	0.0981	-0.0764	-0.0698	0.4681	-0.005	0.1969	0.0139	0.0223	0.396	-0.0184	0.1834	103.981	-1.908	98.729

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 253	4 - 253
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	LB	3002 - 3047	1 - 46
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	S - TA	2011 - 2012	1
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 253	4 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	MB	2029 - 2073	7 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	T - UA	2021 - 2022	1
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	4 - 253	4 - 253
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	NB	3010 - 3057	8 - 55
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	U - VA	2031 - 2032	1
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	4 - 253	4 - 253
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	OB	2047 - 2092	5 - 50
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	V - WA	2041 - 2042	1
13	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	4 - 253	4 - 253
14	X-RAY DIFFRACTION	5	E	PB	2060 - 2106	8 - 54
15	X-RAY DIFFRACTION	5	E	W - XA	2051 - 2052	1
16	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	4 - 253	4 - 253
17	X-RAY DIFFRACTION	6	F	QB	3016 - 3061	13 - 58
18	X-RAY DIFFRACTION	6	F	X - YA	2061 - 2062	1
19	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	4 - 253	4 - 253
20	X-RAY DIFFRACTION	7	G	RB	601 - 659	1 - 46
21	X-RAY DIFFRACTION	7	G	Y - ZA	2071 - 2072	1
22	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	4 - 253	4 - 253
23	X-RAY DIFFRACTION	8	H	SB	701 - 759	6 - 51
24	X-RAY DIFFRACTION	8	H	Z - AB	2081 - 2082	1
25	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	4 - 253	4 - 253
26	X-RAY DIFFRACTION	9	I	TB	801 - 859	8 - 54
27	X-RAY DIFFRACTION	9	I	AA - BB	2091 - 2092	1
28	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	4 - 253	4 - 253
29	X-RAY DIFFRACTION	10	J	UB	2110 - 2155	8 - 53
30	X-RAY DIFFRACTION	10	J	BA - CB	2101 - 2102	1
31	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	4 - 253	4 - 253
32	X-RAY DIFFRACTION	11	K	VB	1001 - 1059	7 - 51
33	X-RAY DIFFRACTION	11	K	CA - DB	2111 - 2112	1
34	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	4 - 253	4 - 253
35	X-RAY DIFFRACTION	12	L	WB	1101 - 1159	16 - 61
36	X-RAY DIFFRACTION	12	L	DA - EB	2121 - 2122	1
37	X-RAY DIFFRACTION	13	M	M	4 - 253	4 - 253
38	X-RAY DIFFRACTION	13	M	XB	1201 - 1259	2 - 47
39	X-RAY DIFFRACTION	13	M	EA - FB	2131 - 2132	1
40	X-RAY DIFFRACTION	14	N	N	4 - 253	4 - 253
41	X-RAY DIFFRACTION	14	N	YB	1301 - 1359	8 - 53
42	X-RAY DIFFRACTION	14	N	FA - GB	2141 - 2142	1
43	X-RAY DIFFRACTION	15	O	O	4 - 253	4 - 253
44	X-RAY DIFFRACTION	15	O	ZB	1401 - 1459	8 - 54
45	X-RAY DIFFRACTION	15	O	GA - HB	2151 - 2152	1
46	X-RAY DIFFRACTION	16	P	P	4 - 253	4 - 253
47	X-RAY DIFFRACTION	16	P	AC	1501 - 1559	7 - 54
48	X-RAY DIFFRACTION	16	P	HA - IB	2161 - 2162	1
49	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	Q	4 - 253	4 - 253
50	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	BC	1601 - 1659	7 - 54
51	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	IA - JB	2171 - 2172	1
52	X-RAY DIFFRACTION	18	R	R	4 - 253	4 - 253
53	X-RAY DIFFRACTION	18	R	CC	1701 - 1759	13 - 58
54	X-RAY DIFFRACTION	18	R	JA - KB	2181 - 2182	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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