+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rrc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | T4 POLYNUCLEOTIDE KINASE BOUND TO 5'-GTC-3' SSDNA | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSFERASE/DNA / KINASE (キナーゼ) / PHOSPHATASE (ホスファターゼ) / ALPHA/BETA / P-LOOP (Walkerモチーフ) / SSDNA (デオキシリボ核酸) / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 デオキシヌクレオチド-3'-ホスファターゼ / deoxynucleotide 3'-phosphatase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / リン酸化 / DNA修復 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å | ||||||
データ登録者 | Eastberg, J.H. / Pelletier, J. / Stoddard, B.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004 タイトル: Recognition of DNA substrates by T4 bacteriophage polynucleotide kinase. 著者: Eastberg, J.H. / Pelletier, J. / Stoddard, B.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rrc.cif.gz | 78 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1rrc.ent.gz | 55.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rrc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/1rrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/1rrc | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||
詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -x, -y+2, z; x, -y+2, -z+2 and -x, y, -z+2. |
-要素
-DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA
#1: DNA鎖 | 分子量: 877.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 35234.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: PSET / プラスミド: PALL17 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06855, polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase |
-非ポリマー , 4種, 47分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 化合物 | ChemComp-ADP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 40000, Potassium chloride, MES, Tris, ATP, DTT, EDTA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Galburt, E.A., (2002) Structure, 10, 1249. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月18日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.46→50 Å / Num. all: 16169 / Num. obs: 16169 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.46→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 77.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / 冗長度: 4-5 / Num. measured all: 93604 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77.9 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: protein chain A of PDB entry 1LTQ 解像度: 2.46→38.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 185620.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.8975 Å2 / ksol: 0.307955 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.46→38.36 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.46→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|