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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rpz | ||||||
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タイトル | T4 POLYNUCLEOTIDE KINASE BOUND TO 5'-TGCAC-3' SSDNA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / KINASE (キナーゼ) / PHOSPHATASE (ホスファターゼ) / ALPHA/BETA / P-LOOP (Walkerモチーフ) / SSDNA (デオキシリボ核酸) / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 デオキシヌクレオチド-3'-ホスファターゼ / deoxynucleotide 3'-phosphatase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / リン酸化 / DNA修復 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Eastberg, J.H. / Pelletier, J. / Stoddard, B.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004 タイトル: Recognition of DNA substrates by T4 bacteriophage polynucleotide kinase. 著者: Eastberg, J.H. / Pelletier, J. / Stoddard, B.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rpz.cif.gz | 71.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rpz.ent.gz | 51.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rpz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/1rpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/1rpz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -x+1, -y+1, z; -x+1, y, -z+1 and x, -y+1, -z+1. |
-要素
-DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA
#1: DNA鎖 | 分子量: 1480.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 35234.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: PSET / プラスミド: PALL17 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06855, polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase |
-非ポリマー , 4種, 17分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ADP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 4000, Potassium chloride, MES, Tris, ATP, DTT, EDTA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Galburt, E.A., (2002) Structure, 10, 1249. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月18日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 10478 / Num. obs: 10478 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 42.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 144278 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: protein chain A of PDB ENTRY 1LTQ 解像度: 2.9→38.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 233073.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.1466 Å2 / ksol: 0.315585 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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拘束条件 | *PLUS
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