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Yorodumi- PDB-1rio: Structure of bacteriophage lambda cI-NTD in complex with sigma-re... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1rio | ||||||
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Title | Structure of bacteriophage lambda cI-NTD in complex with sigma-region4 of Thermus aquaticus bound to DNA | ||||||
Components |
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Keywords | transcription/DNA / HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION ACTIVATION / transcription-DNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information maintenance of viral latency / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / sigma factor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermus aquaticus (bacteria) Enterobacteria phage lambda (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Jain, D. / Nickels, B.E. / Sun, L. / Hochschild, A. / Darst, S.A. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2004 Title: Structure of a ternary transcription activation complex. Authors: Jain, D. / Nickels, B.E. / Sun, L. / Hochschild, A. / Darst, S.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1rio.cif.gz | 94.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1rio.ent.gz | 74.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1rio.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/1rio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/1rio | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules UT
#1: DNA chain | Mass: 8293.334 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: chemically synthesized |
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#2: DNA chain | Mass: 8302.348 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: chemically synthesized |
-Protein , 2 types, 3 molecules HAB
#3: Protein | Mass: 8719.089 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Sigma region 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus aquaticus (bacteria) / Plasmid: pAO6 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9EZJ8 |
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#4: Protein | Mass: 11150.298 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: cI-N-terminus domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage lambda (virus) / Genus: Lambda-like viruses / Gene: CI / Plasmid: pET21a / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P03034 |
-Non-polymers , 3 types, 178 molecules
#5: Chemical | ChemComp-CA / |
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#6: Chemical | ChemComp-MPD / ( |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.28 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 295 K / pH: 4.6 Details: MPD, Sodium Acetate, calcium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 4.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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Crystal grow | *PLUS Temperature: 22 ℃ / pH: 7.5 / Method: vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X9A / Wavelength: 0.97946 / Wavelength: 0.97938,0.97927,0.9648 | |||||||||||||||
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Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Oct 15, 2002 | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI 111 / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.25→30 Å / Num. obs: 22889 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 8.884 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.231 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Lowest resolution: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.315 / Rfactor Rwork: 0.258 |