+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qz1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Ig 1-2-3 fragment of NCAM | ||||||
![]() | Neural cell adhesion molecule 1, 140 kDa isoform![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() NCAM1 interactions / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Soroka, V. / Kolkova, K. / Kastrup, J.S. / Diederichs, K. / Breed, J. / Kiselyov, V.V. / Poulsen, F.M. / Larsen, I.K. / Welte, W. / Berezin, V. ...Soroka, V. / Kolkova, K. / Kastrup, J.S. / Diederichs, K. / Breed, J. / Kiselyov, V.V. / Poulsen, F.M. / Larsen, I.K. / Welte, W. / Berezin, V. / Bock, E. / Kasper, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and interactions of NCAM Ig1-2-3 suggest a novel zipper mechanism for homophilic adhesion 著者: Soroka, V. / Kolkova, K. / Kastrup, J.S. / Diederichs, K. / Breed, J. / Kiselyov, V.V. / Poulsen, F.M. / Larsen, I.K. / Welte, W. / Berezin, V. / Bock, E. / Kasper, C. #1: ![]() タイトル: STRUCTURAL BASIS OF CELL-CELL ADHESION BY NCAM 著者: Kasper, C. / Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Ikemizu, S. / Jones, E.Y. / Berezin, V. / Bock, E. / Larsen, I.K. #2: ![]() タイトル: Expression, crystallization and preliminary X-ray analysis of the two amino-terminal Ig domains of the neural cell adhesion molecule (NCAM) 著者: Kasper, C. / Rasmussen, H. / Berezin, V. / Bock, E. / Larsen, I.K. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 999 | SEQUENCE Residues -2, 239 and 240 were not visible in the electron density. |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 56.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1epfS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a dimer. The second part of the biological assembly is generated by the rotation (-x, y, -z) and the translation (0.5, 0, 0) |
-
要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 32407.225 Da / 分子数: 1 / 断片: IG MODULES 1-2-3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 14-17% PEG 4000, 450 mM Li sulfate, 100 mM Na acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| |||||||||||||||||||||
検出器 |
| |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 |
| |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 27881 / Num. obs: 27881 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 19.6 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 2756 / Rsym value: 0.209 / % possible all: 99.4 | |||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 164206 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EPF 解像度: 2→48.64 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Residues 241-242 were not located in the electron density map
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.6 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→48.64 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.036
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 3 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|