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万見
- PDB-1qwt: Auto-inhibitory interferon regulation factor-3 (IRF3) transactiva... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qwt
タイトルAuto-inhibitory interferon regulation factor-3 (IRF3) transactivation domain
要素Interferon regulatory factor 3IRF3
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / 転写 (生物学) / toll-like receptor 4 signaling pathway ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / 転写 (生物学) / toll-like receptor 4 signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / DNA-binding transcription activator activity / immune system process / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / antiviral innate immune response / positive regulation of type I interferon production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / promoter-specific chromatin binding / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to virus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / regulation of apoptotic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / apoptotic process / DNA damage response / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tumour Suppressor Smad4 - #10 / Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain ...Tumour Suppressor Smad4 - #10 / Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Interferon regulatory factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Qin, B.Y.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of IRF-3 reveals mechanism of autoinhibition and virus induced phospho-activation
著者: Qin, B.Y. / Liu, C. / Lam, S.S. / Srinath, H. / Delston, R. / Correia, J.J. / Derynck, R. / Lin, K.
履歴
登録2003年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon regulatory factor 3
B: Interferon regulatory factor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,07910
ポリマ－56,3202
非ポリマー7608
水9,512528
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.545, 135.545, 68.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Interferon regulatory factor 3 / IRF3 / IRF-3


分子量: 28159.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF3 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14653
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 mg/mlprotein1drop
2250 mMammonium phosphate1reservoir
3100 mMBis-Tris1reservoirpH6.0

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. all: 38289 / Num. obs: 36240 / Observed criterion σ(F): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 38291 / % possible obs: 98.8 % / Num. measured all: 244162 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.14 Å / % possible obs: 92.2 % / Num. unique obs: 1737 / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.35

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解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→100 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数
Rfree0.214 -
Rwork0.195 -
all0.195 36240
obs0.195 36240
溶媒の処理Bsol: 64.995 Å2 / ksol: 0.342877 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.122 Å2--
2--1.122 Å2-
3----2.243 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3748 0 40 528 4316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.005387
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.54035
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.0054
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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