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- PDB-1qtp: CRYSTAL STRUCTURE OF THE AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qtp
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE
要素AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA SUBUNIT (ALPHA-ADAPTIN C)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / FOUR-WAVELENGTH MAD / SELENOMETHIONINE (セレノメチオニン)
機能・相同性
機能・相同性情報


LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis ...LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / Recycling pathway of L1 / AP-2 adaptor complex / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / membrane coat / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / protein serine/threonine kinase binding / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / phosphatidylinositol binding / 分泌 / intracellular protein transport / cytoplasmic side of plasma membrane / kinase binding / disordered domain specific binding / シナプス小胞 / cytoplasmic vesicle / postsynapse / protein domain specific binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / TATA結合タンパク質 / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal ...Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / TATA結合タンパク質 / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / TATA結合タンパク質 / TBP domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-2 complex subunit alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Traub, L.M. / Downs, M.A. / Westrich, J.L. / Fremont, D.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the alpha appendage of AP-2 reveals a recruitment platform for clathrin-coat assembly.
著者: Traub, L.M. / Downs, M.A. / Westrich, J.L. / Fremont, D.H.
履歴
登録1999年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA SUBUNIT (ALPHA-ADAPTIN C)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0161
ポリマ－28,0161
非ポリマー00
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.700, 40.730, 41.840
Angle α, β, γ (deg.)99.68, 95.81, 113.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA SUBUNIT (ALPHA-ADAPTIN C)


分子量: 28016.254 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL APPENDAGE (EAR) RESIDUES 701-938 / 変異: SELENOMETHIONINE SUBSTITUTED PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: MUS MUSCULUS / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL4 / 参照: UniProt: P17427
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.5 M MAGNESIUM SULFATE, 100 MM MES, 10MM SPERMINE TETRA-HCL, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.5 Mmagnesium sulfate1reservoir
2100 mMMES1reservoir
39 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
31
41
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンAPS 19-ID11.07813
シンクロトロンAPS 19-ID20.97956
シンクロトロンAPS 19-ID30.97945
シンクロトロンAPS 19-ID40.94645
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD1998年12月5日
2
3
4
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.078131
20.979561
30.979451
40.946451
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. all: 57749 / Num. obs: 57749 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.58 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.286 / % possible all: 94.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 149455
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.8 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1487 5.1 %RANDOM 5%
Rwork0.168 ---
obs0.168 29053 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å2-0.05 Å2-0.08 Å2
2---0.1 Å20.02 Å2
3----0.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1957 0 0 266 2223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.832.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 155 5.4 %
Rwork0.262 2695 -
obs--95.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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