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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qpv | ||||||
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タイトル | YEAST COFILIN | ||||||
要素 | YEAST COFILINコフィリン | ||||||
キーワード | ACTIN-BINDING PROTEIN (アクチン結合タンパク質) / THREE LAYERS:ALPHA/MIXED BETA/ALPHA / COFILIN FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin cortical patch / Golgi to plasma membrane protein transport / actin filament severing / actin filament depolymerization / actin filament organization / nuclear matrix / エンドサイトーシス / actin filament binding / マイクロフィラメント / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, A.A. / Lappalainen, P. / Fedorov, E.V. / Drubin, D.G. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure determination of yeast cofilin. 著者: Fedorov, A.A. / Lappalainen, P. / Fedorov, E.V. / Drubin, D.G. / Almo, S.C. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1997 タイトル: Essential Functions and Actin-Binding Surfaces of Yeast Cofilin Revealed by Systematic Mutagenesis 著者: Lappalainen, P. / Fedorov, E.V. / Fedorov, A.A. / Almo, S.C. / Drubin, D.G. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1997 タイトル: Cofilin Promotes Rapid Actin Filament Turnover in Vivo 著者: Lappalainen, P. / Drubin, D.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qpv.cif.gz | 36.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qpv.ent.gz | 25.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qpv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/1qpv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15919.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03048 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 4000 , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年2月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→25.2 Å / Num. all: 2529 / Num. obs: 2377 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 77.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1COF 解像度: 3→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: TOPHCSDX.PRO |