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- PDB-1qd8: COMPLEX OF VANCOMYCIN WITH N-ACETYL GLYCINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qd8
タイトルCOMPLEX OF VANCOMYCIN WITH N-ACETYL GLYCINE
要素VANCOMYCINバンコマイシン
キーワードANTIBIOTIC (抗生物質) / GLYCOPEPTIDE
機能・相同性バンコマイシン / ACETYLAMINO-ACETIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1 Å
データ登録者Loll, P.J. / Kaplan, J. / Selinsky, B. / Axelsen, P.H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999
タイトル: Vancomycin Binding to Low-Affinity Ligands: Delineating a Minimum Set of Interactions Necessary for High-Affinity Binding.
著者: Loll, P.J. / Kaplan, J. / Selinsky, B.S. / Axelsen, P.H.
履歴
登録1999年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_poly / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / software / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANCOMYCIN
B: VANCOMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1708
ポリマ－2,3002
非ポリマー8706
水72140
1
A: VANCOMYCIN
ヘテロ分子

B: VANCOMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1708
ポリマ－2,3002
非ポリマー8706
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-y+1/2,x+1/2,z-1/41
Buried area1670 Å2
ΔGint-24.2 kcal/mol
Surface area2590 Å2
手法PISA
2
A: VANCOMYCIN
ヘテロ分子

A: VANCOMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0888
ポリマ－2,3002
非ポリマー7886
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-29.2 kcal/mol
Surface area2160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.710, 28.710, 66.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-110-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VANCOMYCIN / バンコマイシン / バンコマイシン


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 1149.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE (RESIDUES 8 AND 9) ON RESIDUE 4.
由来: (組換発現) AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)
参照: NOR: NOR00681, バンコマイシン
#2: 多糖 vancosamine-(1-2)-beta-D-glucopyranose / バンコマイシン


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Glycopeptide / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 323.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE (RESIDUES 8 AND 9) ON RESIDUE 4.
参照: バンコマイシン
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][ad621m-1a_1-5_3*C_3*N]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-L-2-deoxy-Fucp3N]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-AAC / ACETYLAMINO-ACETIC ACID / N-アセチルグリシン / アセツル酸


分子量: 117.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L- ...VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L. IT IS FURTHER GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE MADE OF D-GLUCOSE AND VANCOSAMINE. HERE, VANCOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOUGHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND THE TWO LIGANDS (HET) BGC AND RER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 %
結晶化pH: 4.6
詳細: SODIUM CHLORIDE, N-ACETYL GLYCINE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION/HANGING DROP, TEMPERATURE 291K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
2100 mMligand1reservoir
32.0-2.4 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1996年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→20 Å / Num. obs: 14172 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 23.4 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 46.4
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 2098 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / % possible all: 62
反射
*PLUS
Num. measured all: 34664
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST F -SQUARED USING SHELXL-93. MOLECULAR GEOMETRY AND ATOMIC DISPLACEMENT PARAMETERS WERE RESTRAINED THROUGHOUT. INDEPENDENT VANCOMYCIN MONOMERS WERE ...詳細: REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST F -SQUARED USING SHELXL-93. MOLECULAR GEOMETRY AND ATOMIC DISPLACEMENT PARAMETERS WERE RESTRAINED THROUGHOUT. INDEPENDENT VANCOMYCIN MONOMERS WERE RESTRAINED TO HAVE SIMILAR 1-2 AND 1-3 DISTANCES; RESTRAINTS WERE ALSO IMPOSED TO LIMIT DEVIATIONS FROM PLANARITY IN RINGS AND SP2 SYSTEMS. ALONG-BOND COMPONENTS OF ANISOTROPIC DISPLACEMENT PARAMETERS WERE SUBJECTED TO RESTRAINTS. SOLVENT WATER ATOMS WERE RESTRAINED TO BE APPROXIMATELY ISOTROPIC AND WERE MADE SUBJECT TO ANTI-BUMPING RESTRAINTS. CONJUGATE GRADIENT REFINEMENT WAS USED THROUGHOUT, EXCEPT AT THE LAST STAGES, WHEN BLOCKED LEAST SQUARES WAS USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.131 975 -RANDOM
obs0.11 -95.6 %-
all-14823 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数160 0 53 40 253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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