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万見
- PDB-1q4x: Crystal Structure of Human Thyroid Hormone Receptor beta LBD in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q4x
タイトルCrystal Structure of Human Thyroid Hormone Receptor beta LBD in complex with specific agonist GC-24
要素Thyroid hormone receptor beta-1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / conformational change in two framework helices upon ligand binding (コンフォメーション変化)
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / retinoic acid receptor signaling pathway / sensory perception of sound / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / 細胞分化 / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / クロマチン / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G24 / Thyroid hormone receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Borngraeber, S. / Budny, M.J. / Chiellini, G. / Cunha-Lima, S.T. / Togashi, M. / Webb, P. / Baxter, J.D. / Scanlan, T.S. / Fletterick, R.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Ligand selectivity by seeking hydrophobicity in thyroid hormone receptor.
著者: Borngraeber, S. / Budny, M.J. / Chiellini, G. / Cunha-Lima, S.T. / Togashi, M. / Webb, P. / Baxter, J.D. / Scanlan, T.S. / Fletterick, R.J.
履歴
登録2003年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thyroid hormone receptor beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3353
ポリマ－28,5821
非ポリマー7532
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.570, 56.570, 390.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 Thyroid hormone receptor beta-1 /


分子量: 28582.080 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRB OR NR1A2 OR ERBA2 OR THR1 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10828
#2: 化合物 ChemComp-G24 / [4-(3-BENZYL-4-HYDROXYBENZYL)-3,5-DIMETHYLPHENOXY]ACETIC ACID / GC-24 / GC-24


分子量: 376.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: PEG 3350, sodium acetate, glucose, cymal-2, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110.5 mg/lprotein1drop
20.1 Msodium acetate1reservoir
310 %PEG33501reservoir
40.15 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月2日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→24.47 Å / Num. all: 10076 / Num. obs: 9368 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 59.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / % possible all: 81.5
反射
*PLUS
% possible obs: 93 % / Num. measured all: 113019
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.5 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Mean I/σ(I) obs: 5.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Human Thyroid Hormone Receptor beta in complex with agonist GC-1; the crystal structure was solved in our lab, but not deposited at the PDB

解像度: 2.8→24.47 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 500 -RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.228 10075 --
obs0.228 9368 93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.9 Å214.57 Å20 Å2
2--8.9 Å20 Å2
3----17.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.34 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1892 0 56 40 1988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.8-2.930.369450.2810.05591776.7
2.93-3.080.38620.2910.048114193.8
3.08-3.270.352650.2620.044117495.4
3.27-3.530.295700.2340.035117995.5
3.53-3.880.279480.2240.04116395.5
3.88-4.440.271630.1940.034120094.4
4.44-5.580.215640.1950.027124896.5
5.58-24.470.228830.2320.025134694.4
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.31
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.98 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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