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Yorodumi- PDB-1pyq: Unprocessed Aspartate Decarboxylase Mutant, with Alanine inserted... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1pyq | ||||||
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Title | Unprocessed Aspartate Decarboxylase Mutant, with Alanine inserted at position 24 | ||||||
Components | Aspartate 1-decarboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / Autoprocessing / Aspartate Decarboxylase / Pyruvoyl | ||||||
Function / homology | Function and homology information alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / protein autoprocessing / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2003 Title: Structural Constraints on protein self-processing in L-aspartate-alpha-decarboxylase Authors: Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L. #1: Journal: J.Biol.Chem. / Year: 1979 Title: Purification and properties of L-Aspartate-alpha-decarboxylase, an enzyme that catalyzes the formation of beta-alanine in Escherichia coli Authors: Williamson, J.M. / Brown, G.M. #2: Journal: Biochem.J. / Year: 1997 Title: Escherichia coli L-aspartate-alpha-decarboxylase: preprotein processing and observation of reaction intermediates by electrospray mass spectrometry Authors: Ramjee, M.K. / Genschel, U. / Abell, C. / Smith, A.G. #3: Journal: Nat.Struct.Biol. / Year: 1998 Title: Crystal structure of aspartate decarboxylase at 2.2A resolution provides evidence for an ester in protein self-processing Authors: Albert, A. / Dhanaraj, V. / Genschel, U. / Khan, G. / Ramjee, M.K. / Pulido, R. / Sibanda, B.L. / von Delft, F. / Witty, M. / Blundell, T.L. / Smith, A.G. / Abell, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1pyq.cif.gz | 110.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1pyq.ent.gz | 87.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1pyq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/1pyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/1pyq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1ppyC 1pqeC 1pqfC 1pqhC 1pt0C 1pt1C 1pyuC 1aw8S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a tetramer, generated from the dimer in the asymmetric unit by the symmetry operation x, x-y, 1/6-z. |
-Components
#1: Protein | Mass: 15850.979 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: PAND / Plasmid: pRSETa / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41 DE3 / References: UniProt: P0A790, aspartate 1-decarboxylase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.8 % | ||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 0.1M citric acid, 1.6M ammonium sulphate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 19 ℃ / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SRS / Beamline: PX14.1 / Wavelength: 1.488 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Apr 14, 2002 / Details: vertical focusing mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111, bent, triangular, liquid gallium cooled Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.488 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→25 Å / Num. all: 26521 / Num. obs: 25960 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 11.32 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 45.78 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.65 / Num. unique all: 1815 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 100 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 25 Å / Num. obs: 26749 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 29.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 1.94 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1aw8 Resolution: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.126 / SU ML: 0.063 / Isotropic thermal model: TLS refinement / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.097 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.809 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.207 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Rfactor Rfree: 0.183 / Rfactor Rwork: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.268 |