+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ppy | ||||||
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Title | Native precursor of pyruvoyl dependent Aspartate decarboxylase | ||||||
Components | Aspartate 1-decarboxylase precursor | ||||||
Keywords | LYASE / decarboxylase / pantothenate pathway / intramolecular protein self-processing | ||||||
Function / homology | Function and homology information alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / protein autoprocessing / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2003 Title: Structural constraints on protein self-processing in L-aspartate-alpha-decarboxylase Authors: Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L. #1: Journal: J.Biol.Chem. / Year: 1979 Title: Purification and properties of L-Aspartate-alpha-decarboxylase, an enzyme that catalyzes the formation of beta-alanine in Escherichia coli Authors: Williamson, J.M. / Brown, G.M. #2: Journal: Biochem.J. / Year: 1997 Title: Escherichia coli L-aspartate-alpha-decarboxylase: preprotein processing and observation of reaction intermediates by electrospray mass spectrometry Authors: Ramjee, M.K. / Genschel, U. / Abell, C. / Smith, A.G. #3: Journal: Nat.Struct.Biol. / Year: 1998 Title: Crystal structure of aspartate decarboxylase at 2.2A resolution provides evidence for an ester in protein self-processing Authors: Albert, A. / Dhanaraj, V. / Genschel, U. / Khan, G. / Ramjee, M.K. / Pulido, R. / Sibanda, B.L. / von Delft, F. / Witty, M. / Blundell, T.L. / Smith, A.G. / Abell, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1ppy.cif.gz | 112.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1ppy.ent.gz | 88.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1ppy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/1ppy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/1ppy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1pqeC 1pqfC 1pqhC 1pt0C 1pt1C 1pyqC 1pyuC 1aw8S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operation: X,X-Y,1/6-Z. |
-Components
#1: Protein | Mass: 13866.715 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: PAND OR B0131 OR C0160 OR Z0142 OR ECS0135 OR SF0128 / Plasmid: pBluescript KS / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): SJ16 / References: UniProt: P0A790, aspartate 1-decarboxylase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 59.7 % | |||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: NH42SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | |||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 19 ℃ / Method: vapor diffusion, hanging drop | |||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: OTHER / Wavelength: 1.5482 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 6, 1999 |
Radiation | Monochromator: Yale Mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5482 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→62.02 Å / Num. obs: 20348 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.5 / Redundancy: 17.9 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 24.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 89.3 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 62 Å / Num. obs: 24605 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 89.3 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1aw8 Resolution: 1.95→62.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.451 / SU ML: 0.071 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.12 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.99 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.12 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→62.02 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Num. reflection obs: 22229 / Rfactor Rfree: 0.202 / Rfactor Rwork: 0.159 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.196 |