PDB-1p7j: Crystal structure of engrailed homeodomain mutant K52E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p7j

タイトル

Crystal structure of engrailed homeodomain mutant K52E

要素

Segmentation polarity homeobox protein engrailed

キーワード

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Stollar, E.J. / Mayor, U. / Lovell, S.C. / Federici, L. / Freund, S.M. / Fersht, A.R. / Luisi, B.F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of Engrailed Homeodomain Mutants: IMPLICATIONS FOR STABILITY AND DYNAMICS
著者: Stollar, E.J. / Mayor, U. / Lovell, S.C. / Federici, L. / Freund, S.M. / Fersht, A.R. / Luisi, B.F.

履歴

登録	2003年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月16日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p7j.cif.gz	60 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p7j.ent.gz	45.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p7iC 1enhS 1duo 2hdd 3hdd S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p7i-1 2x3x-3 4glm-2 1hqj-1 3hil-2 2qkq-2 5k2l-d 3kka-1 1mbg-d 1hqj-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

B: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

C: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

D: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

ヘテロ分子

29.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

登録者が定義した集合体
7.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

登録者が定義した集合体
7.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

登録者が定義した集合体
7.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.850, 51.679, 112.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Segmentation polarity homeobox protein engrailed 分子量: 7223.201 Da / 分子数: 4 / 断片: Homeodomain / 変異: K52E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: EN / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P02836
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer) 分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.61 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 30% PEG 3000, 100mM 2-(cyclohexylamino)ethanesulfonic acid (CHES), pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	40 mg/ml	protein	1	drop
2	30 %(w/v)	PEG3000	1	reservoir
3	100 mM	CHES	1	reservoir	pH9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9779 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→19.24 Å / Num. obs: 15614 / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.154 / Mean I/σ(I) obs: 6.5
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 14837 / % possible obs: 98.3 % / Num. measured all*: 159036
反射シェル	PLUS % possible obs: 90.4 % / R_merge(I) obs*: 0.176

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ENH

1enh

解像度: 2.1→19.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 6.624 / SU ML: 0.181 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24126	777	5 %	RANDOM
R_work	0.19814	-	-	-
obs	0.20026	14837	98.28 %	-
all	-	15676	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.292 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1732	0	13	168	1913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.213	1.938	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.638	3	3727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.934	3	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.587	15	338
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.3	434
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.3	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.088	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.184	0.3	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.247	0.3	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.525	5	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.882	6	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.968	6	726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.845	7.5	724
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.255	57
R_work	0.212	975

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-108.8714	28.0783	95.6532	134.9911	-240.6898	337.5146	4.4279	-0.4335	3.5591	-6.4829	0.6723	5.2256	11.7251	8.8906	-5.1002	0.6571	0.5201	-0.0603	1.0584	-0.1259	0.9908	42.1002	35.1391	47.7928
2	3.722	-0.0226	-0.1272	1.2879	-0.103	0.3881	-0.0314	0.1005	-0.0137	-0.0863	0.0072	-0.0226	0.0485	-0.0138	0.0242	0.1667	0.0036	0.0033	0.1173	0.0201	0.1086	30.9334	38.6723	56.2396
3	1.8941	8.715	-1.6261	-4.1562	10.4559	10.7239	0.2736	0.4758	-1.3416	-0.0239	0.2125	0.2398	0.1856	0.3935	-0.4861	0.2171	0.0268	0.012	0.1179	-0.0707	0.2069	27.0045	30.4598	49.1633
4	1.9841	-0.4466	0.9833	1.0588	-1.2389	4.2287	-0.0254	-0.0875	0.0101	0.062	-0.0718	-0.0102	-0.0506	0.0402	0.0972	0.1665	0.0035	0.0071	0.1202	0.0232	0.1143	35.397	9.5209	18.7995
5	-1.6975	-3.4241	-0.5295	-4.2404	1.4081	17.7934	0.017	0.0137	0.1857	-0.7701	-0.2177	-0.1911	0.4651	-0.6563	0.2007	0.2556	-0.0451	-0.0024	0.0775	0.0272	0.0974	35.9252	0.4313	25.6655
6	4.7476	-0.36	0.1478	1.0464	-0.019	2.4933	-0.0533	0.1331	0.1342	0.0593	0.0195	0.0542	0.0394	-0.0695	0.0338	0.1235	-0.0194	-0.0205	0.1363	-0.094	0.1546	2.8965	31.9988	16.4648
7	2.8733	5.2173	17.6987	9.479	-21.1707	35.8324	-0.4267	1.3156	0.4643	-1.3764	0.528	0.4787	-0.9656	0.6594	-0.1013	0.164	-0.0705	-0.0691	0.1864	0.0896	0.0651	-2.6698	38.8963	6.9013
8	-574.3385	-222.0714	-125.078	573.9752	317.4766	-487.765	3.5647	12.0848	-1.4978	-0.2795	2.8721	2.7602	0.819	0.8872	-6.4369	0.2762	0.217	0.0501	0.6676	0.0037	0.2494	9.6896	2.3534	31.6516
9	6.0381	1.4138	-1.8061	1.0095	-0.3891	2.0695	-0.0563	0.1994	0.407	-0.0336	0.1075	0.0825	0.0032	-0.1124	-0.0512	0.1092	-0.0015	-0.0083	0.1109	0.1123	0.1792	19.5175	5.3562	39.5879
10	19.6329	-5.0817	-14.3955	3.4144	7.1444	16.6411	-0.4737	1.3942	0.0484	0.1169	-0.606	-0.4105	-0.1154	-1.1687	1.0797	0.1768	-0.1346	-0.0155	0.1351	0.067	0.0948	25.0597	-1.6346	29.3803

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 6	3 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	7 - 51	7 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	52 - 55	52 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	7 - 51	7 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	52 - 55	52 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	6 - 51	6 - 51
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	52 - 57	52 - 57
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	1 - 6	1 - 6
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	D	7 - 51	7 - 51
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	52 - 58	52 - 58

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.241 / R_factor R_work: 0.198

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	0.93

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)