PDB-1p7i: CRYSTAL STRUCTURE OF ENGRAILED HOMEODOMAIN MUTANT K52A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p7i

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF ENGRAILED HOMEODOMAIN MUTANT K52A

要素

Segmentation polarity homeobox protein engrailed

キーワード

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

posterior compartment specification / analia development / anterior head segmentation / posterior head segmentation / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / trunk segmentation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Stollar, E.J. / Mayor, U. / Lovell, S.C. / Federici, L. / Freund, S.M. / Fersht, A.R. / Luisi, B.F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of Engrailed Homeodomain Mutants: IMPLICATIONS FOR STABILITY AND DYNAMICS
著者: Stollar, E.J. / Mayor, U. / Lovell, S.C. / Federici, L. / Freund, S.M. / Fersht, A.R. / Luisi, B.F.

履歴

登録	2003年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月16日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p7i.cif.gz	58.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p7i.ent.gz	43.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p7i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p7i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p7jC 1enhS 1duo 2hdd 3hdd S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p7j-1 4glm-2 3hil-2 3kka-1 186d-d 2x3x-3 2x3x-4 4glm-1 1n89-d 1z9z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

B: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

C: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

D: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

ヘテロ分子

28.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

登録者が定義した集合体
7.17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

登録者が定義した集合体
7.17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Segmentation polarity homeobox protein engrailed

登録者が定義した集合体
7.17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.664, 51.176, 108.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Segmentation polarity homeobox protein engrailed 分子量: 7165.165 Da / 分子数: 4 / 断片: Homeodomain / 変異: K52A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: EN / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P02836
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer) 分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 30% PEG 3000, 100mM 2-(cyclohexylamino)ethanesulfonic acid (CHES), pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	40 mg/ml	protein	1	drop
2	30 %(w/v)	PEG3000	1	reservoir
3	100 mM	CHES	1	reservoir	pH9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→19.48 Å / Num. obs: 14829 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 28.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 4.8
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 14092 / % possible obs: 98.3 % / Num. measured all*: 59319
反射シェル	PLUS % possible obs*: 91 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ENH

1enh

解像度: 2.1→54.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 6.03 / SU ML: 0.165 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The density at LEU 26 Chain C indicates a mixture of 2 rotamers, only one of which is modelled and accounts for the angular deviation.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23963	737	5 %	RANDOM
R_work	0.1997	-	-	-
obs	0.20156	14092	98.3 %	-
all	-	14862	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.742 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→54.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1721	0	13	100	1834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.289	1.938	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.686	3	3710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.168	3	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.536	15	329
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	403
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.3	397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.3	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.301	0.5	81
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.3	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.203	0.3	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.285	0.5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.056	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.452	5	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.844	6	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.771	6	715
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.825	7.5	710
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.246	66
R_work	0.191	932

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	30.7878	-25.9743	-20.9889	49.2142	41.5548	127.344	1.8847	2.9483	-2.0068	-1.2333	-1.1758	0.8662	-1.5843	-0.7006	-0.7089	0.1082	0.1386	-0.1489	0.3006	-0.1199	0.2459	3.8585	15.3505	45.5271
2	3.8265	-0.0681	-0.5233	0.8387	-0.6031	1.281	-0.0508	0.0769	-0.082	-0.0296	0.0044	-0.0178	-0.0212	-0.0389	0.0463	0.2122	0.0054	0.0053	0.1785	-0.0303	0.1854	14.5325	12.7307	54.0908
3	22.574	-3.8362	-0.9482	26.2864	-8.9269	11.3766	0.0749	0.7678	1.5443	0.5277	-0.1264	-0.4888	-0.1581	-0.3375	0.0514	0.1859	-0.025	0.0021	0.2227	0.0894	0.2215	18.7513	20.403	46.2335
4	1.7645	-0.4128	-0.9781	0.8145	1.2107	3.3553	0.055	0.0068	0.0526	0.1454	-0.0284	-0.0318	-0.0323	0.0077	-0.0266	0.2242	0.0066	-0.0033	0.1516	0.0109	0.1981	9.5824	41.5069	18.6557
5	10.0534	10.1199	1.3773	16.5581	-0.2382	26.643	0.0405	0.0984	0.7909	-1.1685	-0.2628	0.2667	-1.1559	0.7905	0.2224	0.3044	-0.007	0.0624	0.1041	-0.0093	0.2293	8.4125	50.417	26.6306
6	7.9309	-1.1353	0.1	1.4954	0.3856	2.3487	-0.0602	-0.6063	0.1441	0.0042	0.1278	-0.0585	0.0164	0.0674	-0.0676	0.1772	0.0137	-0.0119	0.1948	0.0289	0.1632	19.3617	8.1322	93.7679
7	31.3549	-11.9812	14.5842	16.5256	43.9305	-10.1754	0.6232	-3.2343	1.2399	1.4221	0.0838	-0.843	0.5652	0.1955	-0.707	0.2515	0.0239	-0.0966	0.3248	-0.2211	0.2308	23.4017	16.0059	102.0087
8	-1.3998	0.6745	3.222	7.6498	-5.0084	9.866	-0.2311	-0.5205	-0.2521	0.2209	0.315	-0.1782	0.2963	-0.0681	-0.0839	0.1702	-0.0568	-0.0529	0.0954	0.0206	0.295	35.3489	-1.648	88.6873
9	9.1786	-0.3017	1.3023	0.7663	0.4389	1.8884	-0.2471	-0.6251	0.469	-0.0769	0.1508	0.0428	-0.0107	-0.2055	0.0962	0.1728	0.0084	-0.0075	0.2208	0.0267	0.1837	41.7524	7.9205	93.8569
10	11.2653	-4.9527	15.501	2.4243	12.6437	21.843	0.2469	0.5653	-0.6531	0.0689	0.0242	-0.427	0.0436	0.9832	-0.2711	0.2071	-0.0582	0.0867	0.167	-0.0184	0.2529	47.1026	-0.0731	85.5842

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 6	3 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	7 - 51	7 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	52 - 55	52 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	7 - 51	7 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	52 - 55	52 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	7 - 51	7 - 51
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	52 - 55	52 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	1 - 6	1 - 6
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	D	7 - 51	7 - 51
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	52 - 56	52 - 56

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.24 / R_factor R_work: 0.2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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