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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p45 | ||||||
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タイトル | Targeting tuberculosis and malaria through inhibition of enoyl reductase: compound activity and structural data | ||||||
要素 | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / InhA / short chain dehydrogenase reductase / triclosan (トリクロサン) / rossmann fold (ロスマンフォールド) / enoyl-ACP reductase (エノイル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ (NADH)) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kuo, M.R. / Morbidoni, H.R. / Alland, D. / Sneddon, S.F. / Gourlie, B.B. / Staveski, M.M. / Leonard, M. / Gregory, J.S. / Janjigian, A.D. / Yee, C. ...Kuo, M.R. / Morbidoni, H.R. / Alland, D. / Sneddon, S.F. / Gourlie, B.B. / Staveski, M.M. / Leonard, M. / Gregory, J.S. / Janjigian, A.D. / Yee, C. / Musser, J.M. / Kreiswirth, B.N. / Iwamoto, H. / Perozzo, R. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C. / Fidock, D.A. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Targeting tuberculosis and malaria through inhibition of Enoyl reductase: compound activity and structural data. 著者: Kuo, M.R. / Morbidoni, H.R. / Alland, D. / Sneddon, S.F. / Gourlie, B.B. / Staveski, M.M. / Leonard, M. / Gregory, J.S. / Janjigian, A.D. / Yee, C. / Musser, J.M. / Kreiswirth, B. / Iwamoto, ...著者: Kuo, M.R. / Morbidoni, H.R. / Alland, D. / Sneddon, S.F. / Gourlie, B.B. / Staveski, M.M. / Leonard, M. / Gregory, J.S. / Janjigian, A.D. / Yee, C. / Musser, J.M. / Kreiswirth, B. / Iwamoto, H. / Perozzo, R. / Jacobs, W.R. / Sacchettini, J.C. / Fidock, D.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p45.cif.gz | 111 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p45.ent.gz | 91.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p45.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/1p45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/1p45 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28554.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: INHA OR RV1484 OR MT1531 OR MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 27704 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→30 Å / SU B: 12.02 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.4 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.889 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.603→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Num. reflection obs: 27704 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.282 / Rfactor Rwork: 0.225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |