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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oxk | ||||||
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タイトル | Complex between YPD1 and SLN1 response regulator domain in space group P3(2) | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / phosphorelay protein / two-component signaling protein / response regulator / HPt domain / histidine-containing phosphotransfer protein / Ypd1p / Sln1p | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / protein histidine kinase binding / osmosensor activity / cytokinin-activated signaling pathway / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / protein histidine kinase activity / histidine phosphotransfer kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity ...transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / protein histidine kinase binding / osmosensor activity / cytokinin-activated signaling pathway / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / protein histidine kinase activity / histidine phosphotransfer kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / cell periphery / リン酸化 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, Q. / Porter, S.W. / West, A.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2003 タイトル: The Yeast YPD1/SLN1 Complex. Insights into Molecular Recognition in Two-Component Signaling Systems. 著者: Xu, Q. / Porter, S.W. / West, A.H. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Co-Crystallization of the Yeast Phosphorelay Protein YPD1 with the SLN1 Response-Regulator Domain and Preliminary X-ray Diffraction Analysis 著者: Chooback, L. / West, A.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oxk.cif.gz | 336.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oxk.ent.gz | 274.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oxk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/1oxk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 2
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19056.457 Da / 分子数: 6 / 断片: YPD1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YPD1 / プラスミド: pUC derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q07688 #2: タンパク質 | 分子量: 15092.516 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal residues 1087-1220 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SLN1 OR YPD2 OR YIL147C / プラスミド: pCYB2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P39928, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, BeCl2, NaF, MnCl2, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Choobakc, L., (2003) Acta Cryst., D59, 927. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: osmic confocal mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 104211 / Num. obs: 104211 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 30.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 72.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 104137 / Num. measured all: 539449 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.1 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1QSP 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 9.925 / SU ML: 0.271 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.428 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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