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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1opd | ||||||
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タイトル | HISTIDINE-CONTAINING PROTEIN (HPR), MUTANT WITH SER 46 REPLACED BY ASP (S46D) | ||||||
要素 | HISTIDINE-CONTAINING PROTEIN | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE / HISTIDINE (ヒスチジン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphotransferase activity, nitrogenous group as acceptor / regulation of carbon utilization / antisigma factor binding / positive regulation of glycogen catabolic process / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / enzyme inhibitor activity / enzyme activator activity / enzyme regulator activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Napper, S. / Delbaere, L. / Waygood, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Mutation of serine-46 to aspartate in the histidine-containing protein of Escherichia coli mimics the inactivation by phosphorylation of serine-46 in HPrs from gram-positive bacteria. 著者: Napper, S. / Anderson, J.W. / Georges, F. / Quail, J.W. / Delbaere, L.T. / Waygood, E.B. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Influence of N-CAP Mutations on the Structure and Stability of Escherichia Coli Hpr 著者: Thapar, R. / Nicholson, E.M. / Rajagopal, P. / Waygood, E.B. / Scholtz, J.M. / Klevit, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1opd.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1opd.ent.gz | 18.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1opd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/1opd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/1opd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9158.327 Da / 分子数: 1 / 変異: S46D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ESK108 / プラスミド: PUC19 / 遺伝子 (発現宿主): PTSH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ESK108 / 参照: UniProt: P0AA04 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.57 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 14 ℃ / pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.927 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月21日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.927 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 10525 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.029 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.5→8 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |