PDB-1olo: Hexameric Replicative DNA Helicase RepA from Plasmid RSF1010 - Cu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1olo

タイトル

Hexameric Replicative DNA Helicase RepA from Plasmid RSF1010 - Cubic Crystal Structure

要素

REGULATORY PROTEIN REPA

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

DNA HELICASE (ヘリカーゼ) /

ATPASE (ATPアーゼ) /

MOTOR PROTEIN (モータータンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

plasmid maintenance /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Niedenzu, T. / Saenger, W.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: Hexameric Rsf1010 Helicase Repa: The Structural and Functional Importance of Single Amino Acid Residues
著者: Ziegelin, G. / Niedenzu, T. / Lurz, R. / Saenger, W. / Lanka, E.

履歴

登録	2003年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年6月28日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2019年5月22日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1olo.cif.gz	116.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1olo.ent.gz	91.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1olo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/1olo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/1olo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g8yS 1nlf S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1g8y-2 1g8y-1 1ud5-2 4blq-d 4j4u-d 6l1q-1 4j4v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: REGULATORY PROTEIN REPA

B: REGULATORY PROTEIN REPA

ヘテロ分子

60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: REGULATORY PROTEIN REPA

B: REGULATORY PROTEIN REPA

ヘテロ分子

A: REGULATORY PROTEIN REPA

B: REGULATORY PROTEIN REPA

ヘテロ分子

A: REGULATORY PROTEIN REPA

B: REGULATORY PROTEIN REPA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
180 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.293, 190.293, 190.293
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	212
Space group name H-M	P4₃32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2016- HOH

詳細

THE ASSEMBLY DESCRIBED BELOW IS A HOMOHEXAMERIC ASSEMBLY.

#1: タンパク質	REGULATORY PROTEIN REPA 分子量: 29945.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 解説: BROAD HOST RANGE PLASMID RSF1010 / プラスミド: PTACREP-A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P20356
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 4.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.4 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: SITTING DROP VAPOR DIFFUSION AT 291K. PROTEIN STOCK: 26MG/ML REPA, 10MM TRIS-HCL PH8.0, 150MM NACL, 0.1MM EDTA. PRECIPITANT: 100MM TRIS-HCL PH 7.5, 26% PEG400, 100MM MGSO4

結晶化

*PLUS

pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	26 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	Tris-HCl	1	drop	pH8.0
3	150 mM		1	drop		NaCl
4	0.1 mM	EDTA	1	drop
5	100 mM	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.5
6	26 %	PEG400	1	reservoir
7	100 mM		1	reservoir		MgSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→150 Å / Num. obs: 40046 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.64 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.52→2.58 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 89.7
反射	PLUS 最高解像度: 2.52 Å / Num. measured all: 305969 / R_merge(I) obs*: 0.106
反射シェル	PLUS R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs*: 3.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1G8Y

1g8y

解像度: 2.55→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.671 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	991	2.6 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	-	37753	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3810	0	10	421	4241

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.829	1.5	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.564	2	3987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.633	3	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.223	4.5	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.302	69
R_work	0.23	2726

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8844	-1.4067	-0.2438	2.2839	-0.4871	1.2197	0.137	0.189	-0.485	-0.2166	-0.1627	0.309	0.1982	-0.0354	0.0257	0.0858	0.0558	-0.0229	0.0722	-0.0698	0.0901	16.0114	46.1237	61.3307
2	2.3847	-1.2559	-0.4701	1.8448	-0.1718	1.6691	0.0311	0.2764	-0.2422	-0.138	0.0249	0.2764	0.1909	-0.4859	-0.056	0.0668	-0.0144	-0.0741	0.2094	0.0263	0.0874	36.2717	21.4605	65.9339

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 270
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	300
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	300

精密化

*PLUS

最低解像度: 25 Å / % reflection R_free: 2.6 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.838

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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