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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oe0 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF DROSOPHILA DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE IN COMPLEX WITH DTTP | ||||||
要素 | DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / DROSOPHILA / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE / DTTP (チミジン三リン酸) / COMPLEX / FEEDBACK INHIBITION (酵素阻害剤) / SALVAGE PATHWAY (サルベージ経路) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / cytidine kinase activity / DNA biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Mikkelsen, N.E. / Johansson, K. / Karlsson, A. / Knecht, W. / Andersen, G. / Piskur, J. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Structural Basis for Feedback Inhibition of the Deoxyribonucleoside Salvage Pathway:Studies of the Drosophila Deoxyribonucleoside Kinase 著者: Mikkelsen, N.E. / Johansson, K. / Karlsson, A. / Knecht, W. / Andersen, G. / Piskur, J. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oe0.cif.gz | 182.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oe0.ent.gz | 144.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oe0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/1oe0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/1oe0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26906.707 Da / 分子数: 4 / 断片: TRUNCATION MUTANT, RESIDUES 1-230 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q9XZT6, デオキシヌクレオシドキナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-TTP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 % |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 42341 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1J90 解像度: 2.4→24.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.6 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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