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- PDB-1nz6: Crystal Structure of Auxilin J-Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nz6
タイトルCrystal Structure of Auxilin J-Domain
要素Auxilin
キーワードPROTEIN BINDING / Alpha Helix / Anti-Parallel Helix Hairpin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin coat assembly / synaptic vesicle recycling / clathrin heavy chain binding / synaptic vesicle uncoating / clathrin coat disassembly / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / clathrin-dependent endocytosis / clathrin-coated vesicle / clathrin binding / intracellular transport ...regulation of clathrin coat assembly / synaptic vesicle recycling / clathrin heavy chain binding / synaptic vesicle uncoating / clathrin coat disassembly / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / clathrin-dependent endocytosis / clathrin-coated vesicle / clathrin binding / intracellular transport / heat shock protein binding / protein tyrosine phosphatase activity / SH3 domain binding / presynapse / vesicle / molecular adaptor activity / postsynaptic density / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DnaJ domain / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. ...DnaJ domain / Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jiang, J. / Taylor, A.B. / Prasad, K. / Ishikawa-Brush, Y. / Hart, P.J. / Lafer, E.M. / Sousa, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structure-function analysis of the auxilin J-domain reveals an extended Hsc70 interaction interface.
著者: Jiang, J. / Taylor, A.B. / Prasad, K. / Ishikawa-Brush, Y. / Hart, P.J. / Lafer, E.M. / Sousa, R.
履歴
登録2003年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Auxilin
B: Auxilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0492
ポリマ－24,0492
非ポリマー00
水37821
1
A: Auxilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0241
ポリマ－12,0241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Auxilin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0241
ポリマ－12,0241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.066, 103.138, 75.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Auxilin


分子量: 12024.309 Da / 分子数: 2 / 断片: J-Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: brain / プラスミド: pGEX4T-2Aux813-910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q27974
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8
詳細: PEG 8000, Tris-Cl, TCEP, Glycerol, pH 8.0, microbatch under oil, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115-20 mg/mlprotein11
210 mMTris11pH8.0
33 mMTCEP11
415 %glycerol11
512.5 %PEG800011

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9788, 0.9790, 0.9813
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月15日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.9791
30.98131
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 13067 / Num. obs: 12866 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 38.9
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1330 -RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 12866 98.5 %-
all-13067 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1616 0 0 21 1637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.827
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.361 -
Rwork0.334 -
obs-95.2 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.827

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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