+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xj3 | ||||||
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Title | Complex structure of ipilimumab-scFv and CTLA-4 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / ipilimumab / CTLA-4 / complex structure | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response ...protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | He, M. / Chai, Y. / Qi, J. / Tong, Z. / Tan, S. / Gao, G.F. | ||||||
Citation | Journal: Oncotarget / Year: 2017 Title: Remarkably similar CTLA-4 binding properties of therapeutic ipilimumab and tremelimumab antibodies Authors: He, M. / Chai, Y. / Qi, J. / Zhang, C.W.H. / Tong, Z. / Shi, Y. / Yan, J. / Tan, S. / Gao, G.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xj3.cif.gz | 526.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xj3.ent.gz | 439 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xj3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/5xj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/5xj3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
-Components
#1: Antibody | Mass: 13152.659 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Antibody | Mass: 11874.194 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #3: Protein | Mass: 13641.536 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CTLA4, CD152 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P16410 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: evaporation / pH: 9 Details: 100 mM BICINE, 10% PEG 20000, 2% 1,4-Dioxane, pH 9.0. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97889 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 8, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97889 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 26870 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.31 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.688 / Rsym value: 1.688 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3F12,1I8L Resolution: 3.2→46.17 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→46.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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