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- PDB-1nop: Crystal structure of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase (Tdp1) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nop
タイトルCrystal structure of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase (Tdp1) in complex with vanadate, DNA and a human topoisomerase I-derived peptide
要素
  • 5'-D(*AP*GP*AP*GP*TP*T)-3'
  • topoisomerase I-derived peptide
  • tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
キーワードHYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / vanadate complex (バナジン酸塩) / transition state mimic / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase I / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / : / デオキシリボ核酸 / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a transition state mimic for Tdp1 assembled from vanadate, DNA, and a topoisomerase I-derived peptide
著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase, Tdp1
著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Insights into substrate binding and catalytic mechanism of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase (Tdp1) from vanadate- and tungstate-inhibited structures
著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2003年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 400COMPOUND THE STRUCTURE IS A MIMIC OF THE TRANSITION STATE FOR HYDROLYSIS OF THE TDP1 SUBSTRATE, A ...COMPOUND THE STRUCTURE IS A MIMIC OF THE TRANSITION STATE FOR HYDROLYSIS OF THE TDP1 SUBSTRATE, A COVALENT TOPOISOMERASE I-DNA COMPLEX.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*AP*GP*AP*GP*TP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*GP*AP*GP*TP*T)-3'
A: tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
B: tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
C: topoisomerase I-derived peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,4097
ポリマ－114,1795
非ポリマー2302
水1,72996
1
D: 5'-D(*AP*GP*AP*GP*TP*T)-3'
A: tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
C: topoisomerase I-derived peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7154
ポリマ－57,6003
非ポリマー1151
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 5'-D(*AP*GP*AP*GP*TP*T)-3'
B: tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6943
ポリマ－56,5792
非ポリマー1151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.803, 104.719, 193.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細One monomer of Tdp1 is the biologically active assembly

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*AP*GP*TP*T)-3'


分子量: 1848.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is derived from a sequence known to be a target for topoisomerase I
#2: タンパク質 tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tdp1


分子量: 54731.195 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 149-608 / Mutation: D322N, M328T, F548L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 20127586, UniProt: Q9NUW8*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド topoisomerase I-derived peptide


分子量: 1020.184 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 720-727 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in human topoisomerase I. This sequence includes the catalytic tyrosine residue that becomes transiently covalently attatched to the 3' end of DNA
#4: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION / バナジン酸塩


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG 3000, sodium chloride, spermine, HEPES, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 300011
2NaCl塩化ナトリウム11
3spermineスペルミン11
4HEPES11
5PEG 300012
6NaCl塩化ナトリウム12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15.5 mg/mlTdp11drop
23 mMsodium orthovanadate1drop
35 mM/lDNA1drop
420 mM/lpeptide1drop
522 %PEG33501reservoir
6100 mMHEPES1reservoirpH7.8
7200 mM1reservoirNaCl
810 mMspermine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→95.65 Å / Num. all: 43799 / Num. obs: 41018 / % possible obs: 93.65 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.085
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 61.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 92.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 61.9 % / Rmerge(I) obs: 0.339

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→95.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 7.144 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25185 2169 5 %RANDOM
Rwork0.20601 ---
all0.2083 43799 --
obs0.2083 41018 93.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.23 Å20 Å20 Å2
2--4.03 Å20 Å2
3----1.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→95.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6888 82 6 96 7072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0217205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3871.9529805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7485855
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.23047
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.345302
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0920.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.20524311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08936949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17722894
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.81932856
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 106 -
Rwork0.268 2019 -
obs--61.9 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. reflection obs: 38958 / Num. reflection Rfree: 2060 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.206
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.387

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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