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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nmq | ||||||
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タイトル | Extendend Tethering: In Situ Assembly of Inhibitors | ||||||
要素 | Caspase-3カスパーゼ-3 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / HYDROLASE (加水分解酵素) / Caspase-3 (カスパーゼ-3) / Tethering (テザリング) / Small molecule complex (小分子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 カスパーゼ-3 / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / glial cell apoptotic process / NADE modulates death signalling / luteolysis ...カスパーゼ-3 / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / glial cell apoptotic process / NADE modulates death signalling / luteolysis / response to cobalt ion / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / death-inducing signaling complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cellular response to staurosporine / Apoptosis induced DNA fragmentation / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / death receptor binding / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / axonal fasciculation / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Signaling by Hippo / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / fibroblast apoptotic process / execution phase of apoptosis / negative regulation of cytokine production / epithelial cell apoptotic process / platelet formation / Other interleukin signaling / positive regulation of amyloid-beta formation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / negative regulation of B cell proliferation / pyroptotic inflammatory response / T cell homeostasis / negative regulation of activated T cell proliferation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / B cell homeostasis / protein maturation / negative regulation of cell cycle / response to X-ray / regulation of macroautophagy / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / 細胞分化 / response to amino acid / Pyroptosis / response to tumor necrosis factor / enzyme activator activity / response to glucose / response to UV / response to glucocorticoid / keratinocyte differentiation / striated muscle cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / intrinsic apoptotic signaling pathway / 赤血球形成 / hippocampus development / apoptotic signaling pathway / sensory perception of sound / response to nicotine / protein catabolic process / regulation of protein stability / neuron differentiation / response to hydrogen peroxide / protein processing / response to wounding / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / heart development / peptidase activity / neuron apoptotic process / protease binding / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / learning or memory / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / タンパク質分解 / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Erlanson, D.A. / Lam, J. / Wiesmann, C. / Luong, T.N. / Simmons, R.L. / DeLano, W. / Choong, I.C. / Flanagan, M. / Lee, D. / O'Brian, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2003 タイトル: In situ assembly of enzyme inhibitors using extended tethering. 著者: Erlanson, D.A. / Lam, J.W. / Wiesmann, C. / Luong, T.N. / Simmons, R.L. / DeLano, W.L. / Choong, I.C. / Burdett, M.T. / Flanagan, W.M. / Lee, D. / Gordon, E.M. / O'Brien, T. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2002 タイトル: Identification of Potent and Selective Small-Molecule Inhibitors of Caspase-3 through the Use of Extended Tethering and Structure-Based Drug Design 著者: Choong, I.C. / Lew, W. / Lee, D. / Pham, P. / Burdett, M.T. / Lam, J.W. / Wiesmann, C. / Luong, T.N. / Fahr, B. / O'Brian, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nmq.cif.gz | 112.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nmq.ent.gz | 86.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nmq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/1nmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/1nmq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 3
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28518.500 Da / 分子数: 2 / 断片: large subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P42574, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→12 Å / Num. all: 23665 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.104 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CP3 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.794 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.449 Å / Total num. of bins used: 25 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.299 / Rfactor Rwork: 0.241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |