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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nl5 | |||||||||
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タイトル | Engineered High-affinity Maltose-Binding Protein | |||||||||
要素 | Maltose-binding periplasmic protein | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / MBP / MALTOSE-BINDING PROTEIN / HIGH-AFFINITY MUTANT / Maltodextrin-Binding Protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / DNA damage response / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Telmer, P.G. / Shilton, B.H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Insights into the Conformational Equilibria of Maltose-binding Protein by Analysis of High Affinity Mutants. 著者: Telmer, P.G. / Shilton, B.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nl5.cif.gz | 91.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nl5.ent.gz | 67.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nl5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/1nl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/1nl5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40100.422 Da / 分子数: 1 / 変異: M321A Q325A, deletion of residues 172,173,175,176 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MalE / プラスミド: pLH1-dm2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HS3309 / 参照: UniProt: P02928, UniProt: P0AEX9*PLUS |
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 3350, Zinc Chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54179 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月1日 / 詳細: Other |
放射 | モノクロメーター: Graded Multilayer (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→60.8 Å / Num. all: 27867 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. all: 27825 / Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.19 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 1ANF 解像度: 2.1→60.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME OTHER REFINEMENT REMARKS: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.2334 Å2 / ksol: 0.368216 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.4 Å / Luzzati sigma a free: 0.41 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→60.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 60.8 Å / Num. reflection obs: 27074 / Rfactor Rfree: 0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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