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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n2x | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of TM0872, a Putative SAM-dependent Methyltransferase, Complexed with SAM | ||||||
![]() | S-adenosyl-methyltransferase mraW | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Miller, D.J. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal complexes of a predicted S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase reveal a typical AdoMet binding domain and a substrate recognition domain 著者: Miller, D.J. / Ouellette, N. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. THE BIOLOGICAL UNIT IS A TRIMER ACCORDING TO DYNAMIC LIGHT SCATTERING DATA. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35384.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: TM0872 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9WZX6, ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: DROP- 50 mM NA CACODYLATE pH 6.5, 5 mM HEPES pH 7.5, 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 9 % PEG 8000, 0.25 M NACL, 1.0 MM BME, 10 MG/ML PROTEIN. WELL- 0.1M NA CACODYLATE pH 6.5, 0.1 M AMMONIUM SULFATE, ...詳細: DROP- 50 mM NA CACODYLATE pH 6.5, 5 mM HEPES pH 7.5, 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 9 % PEG 8000, 0.25 M NACL, 1.0 MM BME, 10 MG/ML PROTEIN. WELL- 0.1M NA CACODYLATE pH 6.5, 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 18 % PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 170 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月3日 |
放射 | モノクロメーター: Null / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 63197 / Num. obs: 63100 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25.7 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 29 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 4.65 / Num. unique all: 6264 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 63197 / Num. measured all: 1623397 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1M6Y 解像度: 1.9→19.97 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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