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- PDB-1med: METHIONYL-TRNA SYNTHETASE ZINC BINDING DOMAIN. 3D STRUCTURE AND H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1med
タイトルMETHIONYL-TRNA SYNTHETASE ZINC BINDING DOMAIN. 3D STRUCTURE AND HOMOLOGY WITH RUBREDOXIN AND GAG RETROVIRAL PROTEINS
要素METHIONYL-tRNA SYNTHETASEメチオニンtRNAリガーゼ
キーワードAMINOACYL-TRNA SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


メチオニンtRNAリガーゼ / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / tRNA binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / メチオニンtRNAリガーゼ / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. ...Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / メチオニンtRNAリガーゼ / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR
データ登録者Fourmy, D. / Dardel, F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Methionyl-tRNA synthetase zinc binding domain. Three-dimensional structure and homology with rubredoxin and gag retroviral proteins.
著者: Fourmy, D. / Dardel, F. / Blanquet, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Mapping of the Zinc Binding Domain of Escherichia Coli Methionyl-tRNA Synthetase
著者: Fourmy, D. / Meinnel, T. / Mechulam, Y. / Blanquet, S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallographic Study at 2.5 Angstroms Resolution of the Interaction of Methionyl-tRNA Synthetase from Escherichia Coli with ATP
著者: Brunie, S. / Zelwer, C. / Risler, J.-L.
履歴
登録1992年11月9日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHIONYL-tRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0352
ポリマ－2,9691
非ポリマー651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: CYS 10 - PRO 11 MODEL 1 OMEGA =221.65 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: SER 15 - PRO 16 MODEL 1 OMEGA =230.63 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: CYS 10 - PRO 11 MODEL 2 OMEGA =226.31 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: SER 15 - PRO 16 MODEL 2 OMEGA =233.15 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
5: CYS 10 - PRO 11 MODEL 4 OMEGA =212.66 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
6: SER 15 - PRO 16 MODEL 4 OMEGA =223.41 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
7: CYS 10 - PRO 11 MODEL 5 OMEGA =227.82 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
8: CYS 10 - PRO 11 MODEL 6 OMEGA =216.14 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
9: SER 15 - PRO 16 MODEL 6 OMEGA =213.88 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
10: CYS 10 - PRO 11 MODEL 8 OMEGA =211.33 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
11: SER 15 - PRO 16 MODEL 8 OMEGA =214.66 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
12: CYS 10 - PRO 11 MODEL 9 OMEGA =215.05 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
13: SER 15 - PRO 16 MODEL 9 OMEGA =234.13 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
14: CYS 10 - PRO 11 MODEL 10 OMEGA =221.52 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
15: SER 15 - PRO 16 MODEL 10 OMEGA =220.78 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
16: CYS 10 - PRO 11 MODEL 11 OMEGA =212.67 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
17: SER 15 - PRO 16 MODEL 11 OMEGA =236.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド METHIONYL-tRNA SYNTHETASE / メチオニンtRNAリガーゼ


分子量: 2969.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GAG / 遺伝子 (発現宿主): GAG / 参照: UniProt: P00959, メチオニンtRNAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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