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- PDB-1mb9: BETA-LACTAM SYNTHETASE COMPLEXED WITH ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mb9
タイトルBETA-LACTAM SYNTHETASE COMPLEXED WITH ATP
要素BETA-LACTAM SYNTHETASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / CLAVULANIC ACID (クラブラン酸) / ASPARAGINE SYNTHETASE / BETA-LACTAM SYNTHETASE / CARBOXYETHYL ARGININE / DEOXYGUANIDINOPROCLAVAMINIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


(carboxyethyl)arginine beta-lactam-synthase / (carboxyethyl)arginine beta-lactam-synthase activity / asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / asparagine biosynthetic process / clavulanic acid biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutamine amidotransferase domain / Asparagine synthase / Asparagine synthase / Glutamine amidotransferase type 2 domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / HUPs / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / 4-Layer Sandwich ...Glutamine amidotransferase domain / Asparagine synthase / Asparagine synthase / Glutamine amidotransferase type 2 domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / HUPs / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / 4-Layer Sandwich / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE 2- / Carboxyethyl-arginine beta-lactam-synthase / Carboxyethyl-arginine beta-lactam-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Miller, M.T. / Bachmann, B.O. / Townsend, C.A. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: The catalytic cycle of beta -lactam synthetase observed by x-ray crystallographic snapshots
著者: Miller, M.T. / Bachmann, B.O. / Townsend, C.A. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2002年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN ATP 701 HAS AN ALTERNATE CONFORMATION 'A'. AMP 706 AND POP 705 HAS ALTERNATE CONFORMATION 'B'.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAM SYNTHETASE
B: BETA-LACTAM SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,83810
ポリマ－109,2032
非ポリマー1,6358
水8,467470
1
A: BETA-LACTAM SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6816
ポリマ－54,6021
非ポリマー1,0795
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BETA-LACTAM SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1574
ポリマ－54,6021
非ポリマー5563
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.252, 97.571, 81.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA-LACTAM SYNTHETASE


分子量: 54601.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
遺伝子: 1901 / プラスミド: pET24a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9R8E3, UniProt: P0DJQ7*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 478分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- / ピロリン酸塩


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, Magnesium Chloride, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Miller, M.T., (2001) Nature Struct. Biol., 8, 684.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
250 mMTris1droppH7.5
37 %(w/v)PEG40001reservoir
4200 mM1reservoirMgCl2
57 %(v/v)glycerol1reservoir
680 mMTris1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月21日
放射モノクロメーター: Curved Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→25 Å / Num. all: 64591 / Num. obs: 54280 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / Biso Wilson estimate: 7.1 Å2 / Rsym value: 0.084
反射 シェル解像度: 2.11→2.19 Å / Rsym value: 0.296 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 594199 / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.5 % / Rmerge(I) obs: 0.296

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JGT

1jgt


解像度: 2.11→24.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 4774 9 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all-54912 --
obs-53056 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.97 Å2 / ksol: 0.378188 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.04 Å20 Å2-1.77 Å2
2--10.27 Å20 Å2
3----5.23 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.3 Å / Luzzati sigma a free: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→24.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7392 0 98 470 7960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.582.5
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 647 7.8 %
Rwork0.243 7614 -
obs--90.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4LIGAND_0723.PARAMLIGAND_0723.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 7.8 % / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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