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万見
- PDB-1mak: SOLUTION STRUCTURE OF AN ISOLATED ANTIBODY VL DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mak
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF AN ISOLATED ANTIBODY VL DOMAIN
要素IGG2A-KAPPA 26-10 FV (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / antigen binding / 獲得免疫系 / 免疫応答 / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig kappa chain V-II region 26-10
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR
データ登録者Constantine, K.L. / Friedrichs, M.S. / Metzler, W.J. / Wittekind, M. / Hensley, P. / Mueller, L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Solution structure of an isolated antibody VL domain.
著者: Constantine, K.L. / Friedrichs, M.S. / Metzler, W.J. / Wittekind, M. / Hensley, P. / Mueller, L.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: 26-10 Fab: Digoxin Complex-Affinity and Specificity from Surface Complementarity
著者: Jeffrey, P.D. / Strong, R.K. / Sieker, L.C. / Chang, C.Y. / Campbell, R.L. / Petsko, G.A. / Haber, E. / Margolies, M.N. / Sheriff, S.
#2: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1993
タイトル: Aliphatic 1H and 13C Resonance Assignments for the 26-10 Antibody Vl Domain Derived from Heteronuclear Multidimensional NMR Spectroscopy
著者: Constantine, K.L. / Goldfarb, V. / Wittekind, M. / Friedrichs, M.S. / Anthony, J. / Ng, S.-C. / Mueller, L.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: Characterization of the Backbone Dynamics of an Anti-Digoxin Antibody Vl Domain by Inverse Detected 1H-15N NMR: Comparisons with X-Ray Data for the Fab
著者: Constantine, K.L. / Friedrichs, M.S. / Goldfarb, V. / Jeffrey, P.D. / Sheriff, S. / Mueller, L.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Production and Characterization of an Antibody Fv Fragment 15N-Labelled in the Vl Domain Only
著者: Goldfarb, V. / Wittekind, M. / Jeffrey, P.D. / Mueller, L. / Constantine, K.L.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Sequential 1H and 15N NMR Assignments and Secondary Structure of a Recombinant Anti-Digoxin Antibody Vl Domain
著者: Constantine, K.L. / Goldfarb, V. / Wittekind, M. / Anthony, J. / Ng, S.-C. / Mueller, L.
履歴
登録1993年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG2A-KAPPA 26-10 FV (LIGHT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2861
ポリマ－12,2861
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 1 / 2: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 1 / 3: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 2 / 4: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 2 / 5: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 3 / 6: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 3 / 7: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 4 / 8: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 4 / 9: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 5 / 10: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 5 / 11: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 6 / 12: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 6 / 13: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 7 / 14: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 7 / 15: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 8 / 16: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 8 / 17: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 9 / 18: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 9 / 19: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 10 / 20: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 10 / 21: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 11 / 22: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 11 / 23: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 12 / 24: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 12 / 25: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 13 / 26: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 13 / 27: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 14 / 28: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 14 / 29: CIS PROLINE - PRO 8 MODEL 15 / 30: CIS PROLINE - PRO 100 MODEL 15
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / -
代表モデル

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要素

#1: 抗体 IGG2A-KAPPA 26-10 FV (LIGHT CHAIN)


分子量: 12285.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01631

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
DIANAGUNTERT,WUTHRICH精密化
X-PLORBRUNGER精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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