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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m93 | ||||||
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タイトル | 1.65 A Structure of Cleaved Viral Serpin CRMA | ||||||
要素 | (Serine proteinase inhibitor 2セリン) x 3 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SERPIN (セルピン) / CRMA / APOPTOSIS (アポトーシス) / ICE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein sequestering activity / Regulation of TNFR1 signaling / serine-type endopeptidase inhibitor activity / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / host cell cytoplasm / extracellular space / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cowpox virus (牛痘ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of viral serpin crmA provides insights into its mechanism of cysteine proteinase inhibition 著者: Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a recombinant cysteine-free mutant of crmA 著者: Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m93.cif.gz | 80.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m93.ent.gz | 60.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m93.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/1m93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/1m93 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6079.818 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-55 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: crmA / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P07385 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27403.771 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 56-300 / Mutation: C93S, C102S, C124S, C223S, C269S, C298S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: crmA / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P07385 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4517.984 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 301-341 / Mutation: C304S, C313S, C336S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: crmA / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P07385 |
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium/potassium phosphate 1.6M, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→31.54 Å / Num. all: 54375 / Num. obs: 53225 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 32.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 83.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 1C8O 解像度: 1.65→31.54 Å / Num. parameters: 25438 / Num. restraintsaints: 31394 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?. Following side-chains are disordered: ...詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?. Following side-chains are disordered: ILE57, and ASP122 Following amino-acids are missing: 47 GLU LYS GLU ALA ASP LYS ASN LYS ASP 55; 301 VAL ALA ASP SER ALA SER THR VAL 308
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 18 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2777 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→31.54 Å
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拘束条件 |
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