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- PDB-1m3e: Succinyl-COA:3-ketoacid COA transferase from pig heart (selenomet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m3e
タイトルSuccinyl-COA:3-ketoacid COA transferase from pig heart (selenomethionine)
要素SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / alpha/beta protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Utilization of Ketone Bodies / cellular ketone body metabolic process / 3-oxoacid CoA-transferase / succinyl-CoA:3-oxo-acid CoA-transferase activity / ketone body catabolic process / Mitochondrial protein degradation / protein homodimerization activity / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / 3-oxoacid CoA-transferase / Coenzyme A transferases signature 2. / Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I ...3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / 3-oxoacid CoA-transferase / Coenzyme A transferases signature 2. / Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase / Coenzyme A transferase / NagB/RpiA transferase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bateman, K.S. / Brownie, E.R. / Wolodko, W.T. / Fraser, M.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structure of the Mammalian CoA Transferase from Pig Heart
著者: Bateman, K.S. / Brownie, E.R. / Wolodko, W.T. / Fraser, M.E.
履歴
登録2002年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
B: SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
C: SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
D: SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,6144
ポリマ－211,6144
非ポリマー00
水15,475859
1
A: SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
B: SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8072
ポリマ－105,8072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area35200 Å2
手法PISA
2
C: SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE
D: SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8072
ポリマ－105,8072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area35220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.168, 264.323, 62.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
SUCCINYL-COA:3-KETOACID-COENZYME A TRANSFERASE / SUCCINYL COA:3-OXOACID COA-TRANSFERASE


分子量: 52903.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 器官: heart心臓 / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q29551, 3-oxoacid CoA-transferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 2000, TrisCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 %(w/v)PEG20001reservoir
2100 mMTris-Cl1reservoirpH8.0
30.125-0.5 M1dropKCl
422.8 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.978,0.979,0.961
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月6日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9781
20.9791
30.9611
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 62373 / Num. obs: 61401 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.75 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 27.42
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 6.99 / % possible all: 84.3
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 414407
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 3199 -shells
Rwork0.221 ---
all0.246 62373 --
obs0.246 60288 96.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14441 0 0 859 15300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.926
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.821
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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