+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lew | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MAP KINASE P38 COMPLEXED TO THE DOCKING SITE ON ITS NUCLEAR SUBSTRATE MEF2A | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation ...ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / cardiac conduction / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C.-I. / Xu, B.-E. / Akella, R. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of MAP kinase p38 complexed to the docking sites on its nuclear substrate MEF2A and activator MKK3b. 著者: Chang, C.I. / Xu, B.E. / Akella, R. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 41338.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P47811, ![]() |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1379.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月2日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.26→50 Å / Num. all: 28374 / Num. obs: 28346 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 22800 / Rmerge(I) obs: 0.13 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.45 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 20610 / Rfactor all![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |