+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lc2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution Structure Of Reduced Horse Heart Cytochrome c in 30% Acetonitrile Solution, NMR 30 Structures | ||||||
要素 | CYTOCHROME Cシトクロムc | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / CYTOCHROME C (シトクロムc) / ORGANIC SOLVENT (溶媒) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process / lipid binding / apoptotic process / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION | ||||||
データ登録者 | Sivakolundu, S.G. / Mabrouk, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.BIOL.INORG.CHEM. / 年: 2003 タイトル: Structure function relationship of reduced cytochrome c probed by complete solution structure determination in 30% acetonitrile/water solution 著者: Sivakolundu, S.G. / Mabrouk, P.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lc2.cif.gz | 1019.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1lc2.ent.gz | 876 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/1lc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/1lc2 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11725.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: heart心臓 / 参照: UniProt: P00004 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEC / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques |
-試料調製
詳細 | 内容: 5mM FERROCYTOCHROME C 1H; 50mM PHOSPHATE BUFFER; 70% H2O, 30% CD3CN 溶媒系: 70% H2O, 30% CD3CN |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 50mM / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Home-built HOME BUILT / 製造業者: Home-built / モデル: HOME BUILT / 磁場強度: 591.1 MHz |
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 2232 NOE-based distance restraints and 73 dihedral angle restraints | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30 |