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- PDB-1l4a: X-RAY STRUCTURE OF THE NEURONAL COMPLEXIN/SNARE COMPLEX FROM THE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l4a
タイトルX-RAY STRUCTURE OF THE NEURONAL COMPLEXIN/SNARE COMPLEX FROM THE SQUID LOLIGO PEALEI
要素
  • (S-SNAP25 fusion ...) x 2
  • S-SYNTAXIN
  • SYNAPHIN A
  • SYNAPTOBREVIN
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / SNARE / SNARE complex / membrane fusion / neurotransmission / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SNAP receptor activity / 神経伝達物質輸送体 / syntaxin binding / エキソサイトーシス / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / synaptic vesicle membrane / membrane => GO:0016020 / neuron projection / シナプス ...SNAP receptor activity / 神経伝達物質輸送体 / syntaxin binding / エキソサイトーシス / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / synaptic vesicle membrane / membrane => GO:0016020 / neuron projection / シナプス / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Synaphin / Synaphin protein / Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Synaptobrevin signature. / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain ...Synaphin / Synaphin protein / Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Synaptobrevin signature. / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / Syntaxin / SNARE domain / Synaptobrevin-like / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Synaptobrevin / Syntaxin / epimorphin family signature. / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Syntaxin / Synaptobrevin / Synaptosomal-associated protein / Complexin
類似検索 - 構成要素
生物種Loligo pealei (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Bracher, A. / Kadlec, J. / Betz, H. / Weissenhorn, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: X-ray structure of a neuronal complexin-SNARE complex from squid.
著者: Bracher, A. / Kadlec, J. / Betz, H. / Weissenhorn, W.
履歴
登録2002年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYNAPTOBREVIN
B: S-SYNTAXIN
C: S-SNAP25 fusion protein
D: S-SNAP25 fusion protein
E: SYNAPHIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5175
ポリマ－47,5175
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13160 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area16460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.072, 75.430, 243.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit contains the biologically relevant structure

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABE

#1: タンパク質 SYNAPTOBREVIN /


分子量: 9046.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo pealei (無脊椎動物) / プラスミド: pRSet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 pUBS / 参照: UniProt: P47194
#2: タンパク質 S-SYNTAXIN


分子量: 9981.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo pealei (無脊椎動物) / プラスミド: pMal-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 pUBS / 参照: UniProt: O46345
#5: タンパク質 SYNAPHIN A


分子量: 9251.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo pealei (無脊椎動物) / プラスミド: pMal-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 pUBS / 参照: UniProt: Q95PA1

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S-SNAP25 fusion ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 S-SNAP25 fusion protein


分子量: 9566.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo pealei (無脊椎動物) / プラスミド: pRSet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 pUBS / 参照: UniProt: Q8T3S4
#4: タンパク質 S-SNAP25 fusion protein


分子量: 9671.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo pealei (無脊椎動物) / プラスミド: pRSet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 pUBS / 参照: UniProt: Q8T3S4

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非ポリマー , 1種, 23分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 5% MPD, 7.5% PEG550-MME, 20MM beta mercaptoethanol, 20MM Tris PH 7.2, 50MM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
24-5.5 %(v/v)MPD1drop
37-8 %(w/v)PEG550 MME1drop
420 mMbeta-mercaptoethanol1drop
510 %(w/v)MPD1reservoir
616 %(w/v)PEG550 MME1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→15 Å / Num. all: 10799 / Num. obs: 10128 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 79.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 93
反射
*PLUS
最低解像度: 75 Å / Num. measured all: 41657 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.219

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BEASTモデル構築
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SFC

1sfc


解像度: 2.95→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3445 700 7 %RANDOM
Rwork0.297 ---
all0.3004 10799 --
obs0.3004 10001 92.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.2327 Å2 / ksol: 0.26842 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 81.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.79 Å20 Å20 Å2
2--42.41 Å20 Å2
3----38.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.6 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2358 0 0 23 2381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 100 6.3 %
Rwork0.346 1484 -
obs-1584 91.8 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor all: 0.3004 / Rfactor Rfree: 0.3445 / Rfactor Rwork: 0.297
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.69
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.397 / Rfactor Rwork: 0.346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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