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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kux | ||||||
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タイトル | X-ray Crystallographic Studies of Serotonin N-acetyltransferase Catalysis and Inhibition | ||||||
要素 | Serotonin N-acetyltransferaseAralkylamine N-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Enzyme-Inhibitor Complex / Bisubstrate Analog / Alternate Conformations | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aralkylamine N-acetyltransferase / aralkylamine N-acetyltransferase activity / melatonin biosynthetic process / N-terminal protein amino acid acetylation / cellular response to cAMP / 概日リズム / perinuclear region of cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ovis aries (ヒツジ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wolf, E. / De Angelis, J. / Khalil, E.M. / Cole, P.A. / Burley, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: X-ray crystallographic studies of serotonin N-acetyltransferase catalysis and inhibition. 著者: Wolf, E. / De Angelis, J. / Khalil, E.M. / Cole, P.A. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kux.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kux.ent.gz | 36.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kux.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/1kux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/1kux | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23111.568 Da / 分子数: 1 / 変異: MET substituted by Se-met / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: U29663 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q29495, aralkylamine N-acetyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA3 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 2000, MPD, ammonium sulfate, MES pH 6.5, magnesium acetate, DTT, spermidine, and lithium chloride. pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.91 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 13976 / Num. obs: 13920 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 25.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 1375 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 25 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KUV 解像度: 1.8→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Structure was refined with waters and ligand was modeled based on difference fourier electron density. Ligand was included in final refinement
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.197 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |