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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kia | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glycine N-methyltransferase complexed with S-adenosylmethionine and acetate | ||||||
要素 | Glycine N-methyltransferaseグリシン-N-メチルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Glycine N-methyltransferase (グリシン-N-メチルトランスフェラーゼ) / S-adenosylmethionine (S-アデノシルメチオニン) / Acetate (酢酸塩) / Ternary complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 selenol Se-methyltransferase activity / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / グリシン-N-メチルトランスフェラーゼ / sarcosine metabolic process / glycine N-methyltransferase activity / methyltransferase complex / methionine metabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process / glycine metabolic process / S-adenosylmethionine metabolic process ...selenol Se-methyltransferase activity / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / グリシン-N-メチルトランスフェラーゼ / sarcosine metabolic process / glycine N-methyltransferase activity / methyltransferase complex / methionine metabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process / glycine metabolic process / S-adenosylmethionine metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / folic acid binding / glycine binding / regulation of gluconeogenesis / glycogen metabolic process / one-carbon metabolic process / メチル化 / protein homotetramerization / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Takusagawa, F. / Huang, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of glycine N-methyltransferase complexed with S-adenosylmethionine and acetate 著者: Takusagawa, F. / Huang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kia.cif.gz | 226.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kia.ent.gz | 183.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kia.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/1kia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/1kia | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a homotetramer. The residues 1 - 17 of each subunit are disordered. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32460.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P13255, グリシン-N-メチルトランスフェラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-SAM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 252252 / Num. obs: 252116 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 24.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.89 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 3543 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The residues 1 - 17 of each subunit are disordered.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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