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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kfy | ||||||
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タイトル | QUINOL-FUMARATE REDUCTASE WITH QUINOL INHIBITOR 2-[1-(4-CHLORO-PHENYL)-ETHYL]-4,6-DINITRO-PHENOL | ||||||
要素 | (FUMARATE REDUCTASE ...フマル酸レダクターゼ) x 4 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / fumarate reductase (フマル酸レダクターゼ) / succinate dehydrogenase (コハク酸デヒドロゲナーゼ) / quinone (キノン) / quinol (ヒドロキノン) / respiration / membrane protein (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane fumarate reductase complex / succinate dehydrogenase activity / 発酵 / fumarate metabolic process / コハク酸デヒドロゲナーゼ / anaerobic electron transport chain / succinate dehydrogenase (quinone) activity / 嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding ...plasma membrane fumarate reductase complex / succinate dehydrogenase activity / 発酵 / fumarate metabolic process / コハク酸デヒドロゲナーゼ / anaerobic electron transport chain / succinate dehydrogenase (quinone) activity / 嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / bacterial-type flagellum assembly / クエン酸回路 / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA damage response / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Iverson, T.M. / Luna-Chavez, C. / Croal, L.R. / Cecchini, G. / Rees, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Crystallographic studies of the Escherichia coli quinol-fumarate reductase with inhibitors bound to the quinol-binding site. 著者: Iverson, T.M. / Luna-Chavez, C. / Croal, L.R. / Cecchini, G. / Rees, D.C. #1: ジャーナル: Science / 年: 1999 タイトル: Structure of the Escherichia coli Fumarate Reductase Respiratory Complex 著者: Iverson, T.M. / Luna-Chavez, C. / Cecchini, G. / Rees, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kfy.cif.gz | 395.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kfy.ent.gz | 320.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kfy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/1kfy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-FUMARATE REDUCTASE ... , 4種, 8分子 AMBNCODP
#1: タンパク質 | 分子量: 66057.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00363, コハク酸デヒドロゲナーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 27021.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AC47, コハク酸デヒドロゲナーゼ #3: タンパク質 | 分子量: 14898.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8Q0 #4: タンパク質 | 分子量: 13118.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8Q3 |
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-非ポリマー , 7種, 15分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG 5K MME, MgOAc, EDTA, Na Citrate, DTT, DNP-19, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. all: 38919 / Num. obs: 38919 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 90.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 124660 / Rmerge(I) obs: 0.104 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.8 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 開始モデル: PDB ENTRY 1KF6 解像度: 3.6→50 Å / σ(F): 0 / 詳細: REFMAC WAS ALSO USED IN REFINEMENT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.6 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.1 % / Rfactor obs: 0.264 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0165 |