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- PDB-3p4p: Crystal structure of Menaquinol:fumarate oxidoreductase in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p4p
タイトルCrystal structure of Menaquinol:fumarate oxidoreductase in complex with fumarate
要素(Fumarate reductase ...フマル酸レダクターゼ) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane fumarate reductase complex / フマル酸レダクターゼ (キノール) / succinate dehydrogenase activity / 発酵 / : / fumarate metabolic process / コハク酸デヒドロゲナーゼ / anaerobic electron transport chain / succinate dehydrogenase (quinone) activity / 嫌気呼吸 ...plasma membrane fumarate reductase complex / フマル酸レダクターゼ (キノール) / succinate dehydrogenase activity / 発酵 / : / fumarate metabolic process / コハク酸デヒドロゲナーゼ / anaerobic electron transport chain / succinate dehydrogenase (quinone) activity / 嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / bacterial-type flagellum assembly / クエン酸回路 / FAD binding / 電子伝達系 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA damage response / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Fumarate reductase, subunit C / Fumarate reductase subunit C / Fumarate reductase, subunit D / Fumarate reductase subunit D / Fumarate reductase, flavoprotein subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S dicluster domain / succinate dehydrogenase protein domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain ...Fumarate reductase, subunit C / Fumarate reductase subunit C / Fumarate reductase, subunit D / Fumarate reductase subunit D / Fumarate reductase, flavoprotein subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S dicluster domain / succinate dehydrogenase protein domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / Alpha-helical ferredoxin / Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / Alpha-helical ferredoxin / FAD binding domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / FAD/NAD(P)-binding domain / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Few Secondary Structures / イレギュラー / Roll / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / フラビンアデニンジヌクレオチド / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / フマル酸 / 鉄・硫黄クラスター / : / : / Fumarate reductase flavoprotein subunit / Fumarate reductase flavoprotein subunit / Fumarate reductase subunit C ...FE3-S4 CLUSTER / フラビンアデニンジヌクレオチド / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / フマル酸 / 鉄・硫黄クラスター / : / : / Fumarate reductase flavoprotein subunit / Fumarate reductase flavoprotein subunit / Fumarate reductase subunit C / Fumarate reductase subunit D / Fumarate reductase iron-sulfur subunit / Fumarate reductase iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli 042 (大腸菌)
Escherichia coli 536 (大腸菌)
Escherichia coli DH1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andr ll, J. / Luna-Ch vez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankowskaya, V. / Stern, H.A. ...Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andr ll, J. / Luna-Ch vez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankowskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / Cecchini, G. / Iverson, T.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Geometric restraint drives on- and off-pathway catalysis by the Escherichia coli menaquinol:fumarate reductase.
著者: Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankovskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / ...著者: Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankovskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / Cecchini, G. / Iverson, T.M.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月15日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate reductase flavoprotein subunit
B: Fumarate reductase iron-sulfur protein
C: Fumarate reductase subunit C
D: Fumarate reductase subunit D
M: Fumarate reductase flavoprotein subunit
N: Fumarate reductase iron-sulfur protein
O: Fumarate reductase subunit C
P: Fumarate reductase subunit D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,36817
ポリマ－237,0348
非ポリマー3,3349
水1,42379
1
A: Fumarate reductase flavoprotein subunit
B: Fumarate reductase iron-sulfur protein
C: Fumarate reductase subunit C
D: Fumarate reductase subunit D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,2429
ポリマ－118,5174
非ポリマー1,7255
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17230 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area39700 Å2
手法PISA
2
M: Fumarate reductase flavoprotein subunit
N: Fumarate reductase iron-sulfur protein
O: Fumarate reductase subunit C
P: Fumarate reductase subunit D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,1268
ポリマ－118,5174
非ポリマー1,6094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17090 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area39720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.317, 137.633, 270.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Fumarate reductase ... , 4種, 8分子 AMBNCODP

#1: タンパク質 Fumarate reductase flavoprotein subunit


分子量: 63477.707 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-577 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 042 (大腸菌) / 株: 042 / EAEC / 遺伝子: frdA, EC042_4630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D3GV56, UniProt: P00363*PLUS, コハク酸デヒドロゲナーゼ
#2: タンパク質 Fumarate reductase iron-sulfur protein


分子量: 27021.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 536 (大腸菌) / 株: 536 / UPEC / 遺伝子: ECP_4399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q0T9N6, UniProt: P0AC47*PLUS, コハク酸デヒドロゲナーゼ
#3: タンパク質 Fumarate reductase subunit C / フマル酸レダクターゼ


分子量: 14898.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 株: ATCC 33849 / DSM 4235 / NCIB 12045 / K12 / DH1 / 遺伝子: frdC, EcDH1_3838 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QU46, UniProt: P0A8Q0*PLUS
#4: タンパク質 Fumarate reductase subunit D / フマル酸レダクターゼ


分子量: 13118.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 株: ATCC 33849 / DSM 4235 / NCIB 12045 / K12 / DH1 / 遺伝子: frdD, EcDH1_3839 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QU47, UniProt: P0A8Q3*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 88分子

#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-FUM / FUMARIC ACID / 2-ブテン二酸 / フマル酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#7: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#8: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#9: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: 12.5% PEG 5000 mme, 85mM MgAc, 100mM Citrate pH 5.8, 0.1% w/v DTT, 0.1mM EDTA, 5mM fumarate, vapor diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→90.76 Å / Num. obs: 84789

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.8→38.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 31.801 / SU ML: 0.298
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 1408 1.7 %
Rwork0.249 --
obs0.249 84764 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 104.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16642 0 152 79 16873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02217423
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8541.97523676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.15952130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.34323.529748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.493152810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6515110
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1990.22574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02113158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.6091.510608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.437217044
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.31536815
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.4194.56550
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 83 -
Rwork0.346 6096 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20960.06-0.18280.12630.09270.401-0.0082-0.04380.0084-0.01360.0308-0.02550.0257-0.0237-0.02260.3809-0.00980.01380.50610.00020.48179.1129.2167-11.1191
20.20330.013-0.02830.0209-0.05180.1911-0.10610.07540.2196-0.07730.0339-0.03540.1462-0.0920.07220.3617-0.03450.05790.4135-0.04060.376713.736819.2879-36.1144
30.0952-0.0253-0.18930.18880.05160.42540.01850.04550.0659-0.1892-0.0113-0.04030.0309-0.1008-0.00720.5287-0.02740.0910.4355-0.00820.37227.174820.315-63.1735
40.2145-0.063-0.20940.14150.19040.3485-0.09780.028-0.0743-0.0388-0.01490.01390.0907-0.06290.11280.5576-0.02160.15970.363-0.01350.41633.798311.0946-65.8347
50.56331.0184-0.40221.9661-0.78850.33790.29850.09450.29410.66830.12960.6297-0.3437-0.0631-0.42810.9781-0.04760.67390.09310.00250.614213.6469-47.2521-18.6945
60.710.5268-0.26591.5084-0.88050.51840.51130.15820.10410.79-0.20640.4911-0.42810.1264-0.30490.892-0.06470.38420.1831-0.0220.452730.4994-31.5302-33.2189
70.23060.3483-0.43030.739-0.63980.81760.08360.03470.03770.1311-0.00820.0399-0.0846-0.0227-0.07530.5265-0.02380.17920.39720.00280.51345.7441-25.9245-58.39
80.18610.0231-0.15191.1277-0.1980.155-0.01770.0663-0.05390.02840.03530.22810.0103-0.0393-0.01760.5543-0.00410.19520.3439-0.00980.507643.5225-15.7689-63.5744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 576
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 130
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5M0 - 576
6X-RAY DIFFRACTION6N1 - 243
7X-RAY DIFFRACTION7O1 - 130
8X-RAY DIFFRACTION8P0 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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