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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jth | ||||||
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タイトル | Crystal structure and biophysical properties of a complex between the N-terminal region of SNAP25 and the SNARE region of syntaxin 1a | ||||||
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![]() | ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() BLOC-1 complex / myosin head/neck binding / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Misura, K.M.S. / Gonzalez Jr., L.C. / May, A.P. / Scheller, R.H. / Weis, W.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and biophysical properties of a complex between the N-terminal SNARE region of SNAP25 and syntaxin 1a. 著者: Misura, K.M. / Gonzalez Jr., L.C. / May, A.P. / Scheller, R.H. / Weis, W.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 9525.569 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal SNARE motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | ![]() 分子量: 9102.500 Da / 分子数: 2 / 断片: H3, SNARE motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: ammonium sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月11日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 20657 / Num. obs: 18147 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.02 / Net I/σ(I): 24 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→30 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 98.8 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.4 % | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.652 Å2 / ksol: 0.37228 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 12.2 % / Rfactor obs: 0.265 / Rfactor Rfree![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 52.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.367 / % reflection Rfree: 12.8 % / Rfactor Rwork: 0.355 |