分子量: 1374.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: the parent peptide (IWGCSGKLICTTA) occurs naturally in HIV gp41 glycoprotein. 参照: UniProt: P12488
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実験情報
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実験
実験
手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
タイプ
1
1
1
2D NOESY
1
2
1
DQF-COSY
1
3
1
TOCSY
NMR実験の詳細
Text: classical 2D homonuclear NMR techniques were used. Different NOESY experiments with different mixing times from 80ms to 800ms were recorded in order to determine best conditions without spin diffusion.
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試料調製
詳細
内容: 2mM peptide in 500ul solvent / 溶媒系: 100% DMSO-D6
試料状態
圧: atmospheric atm / 温度: 298 K
-
NMR測定
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長
相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker AVANCE
Bruker
AVANCE
400
1
Bruker AVANCE
Bruker
AVANCE
600
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
XwinNMR
2.6
BrukerGMBH
collection
XwinNMR
2.6
BrukerGMBH
解析
XEASY
1.2
Bartels C., Billeter M., Guentert P. and Wuethrich K. (1995) J. Biomol. NMR, 5, 1-10
データ解析
DYANA
1.5
Guentert P., Mumenthaler C.and Wuethrich K. (1997) J. Mol. Biol. 273, 283-298
精密化
Discover
3
MSI, sanDiego
精密化
精密化
手法: torsion angles dynamics, molecular dynamics, energy minimization. ソフトェア番号: 1 詳細: 50 initial random structures were generated usin DYANA software, followed by 500ps restrained minimization, 35ps MD and 750ps conjugated gradient EM using DISCOVER module of MSI software.
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20