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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1inx | |||||||||
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タイトル | A SIALIC ACID DERIVED PHOSPHONATE ANALOG INHIBITS DIFFERENT STRAINS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE WITH DIFFERENT EFFICIENCIES | |||||||||
![]() | INFLUENZA A SUBTYPE N2 NEURAMINIDASE | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | White, C.L. / Janakiraman, M.N. / Laver, W.G. / Philippon, C. / Vasella, A. / Air, G.M. / Luo, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A sialic acid-derived phosphonate analog inhibits different strains of influenza virus neuraminidase with different efficiencies. 著者: White, C.L. / Janakiraman, M.N. / Laver, W.G. / Philippon, C. / Vasella, A. / Air, G.M. / Luo, M. #1: ![]() タイトル: Structure of Influenza Virus Neuraminidase B(Slash)Lee(Slash)40 Complexed with Sialic Acid and a Dehydro Analog at 1.8 Angstroms Resolution: Implications for the Catalytic Mechanism 著者: Janakiraman, M.N. / White, C.L. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Luo, M. #2: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the Influenza Virus A(Slash)Tokyo(Slash)3(Slash)67 at 2.2 Angstroms Resolution 著者: Varghese, J.N. / Colman, P.M. #3: ![]() タイトル: Refined Atomic Structures of N9 Subtype Influenza Virus Neuraminidase and Escape Mutants 著者: Lip, W.R. / Varghese, J.N. / Baker, A.T. / Van Danelaar, A. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M. #4: ![]() タイトル: Phosphonic-Acid Analogs of the N-Acetyl-2-Deoxyneuraminic Acids: Synthesis and Inhibition of Vibrio Choleae Sialidase 著者: Walliman, K. / Vasella, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 285 / 2: CIS PROLINE - PRO 326 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43141.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 属: Influenzavirus A / 細胞株: 293 / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P06820, ![]() |
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-糖 , 3種, 5分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/EQP.gif)
![](data/chem/img/EQP.gif)
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() | ||
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#3: 糖 | ![]() #5: 糖 | ChemComp-EQP / ( | |
-非ポリマー , 2種, 80分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-詳細
非ポリマーの詳細 | THE CALCIUM RESIDUE, CA 470, STABILIZES A LOOP NEAR THE NEURAMINIDASE ACTIVE SITE. THE EQUATORIAL ...THE CALCIUM RESIDUE, CA 470, STABILIZES |
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由来についての詳細 | EPANA SEE WALLIMAN & VASELLA (1990) FOR SYNTHESIS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 82 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 詳細: NATIVE CRYSTALS SOAKED IN 10MM EPANA SOLUTION, PH 7.2. | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 35409 / % possible obs: 74.1 % / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.38 Å / 最低解像度: 9999 Å / 冗長度: 1.87 % / Rmerge(I) obs: 0.0801 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 9.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rwork![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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