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- PDB-1ie1: NMR Solution Structure of an In Vitro Selected RNA which is Seque... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ie1
タイトルNMR Solution Structure of an In Vitro Selected RNA which is Sequence Specifically Recognized by Hamster Nucleolin RBD12.
要素5'-R(*GP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*CP*C)-3'
キーワードRNA (リボ核酸) / eucaryotic loop E motif A-form helix flexible loop
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Simulated annealing starting from randomized templates. Base planarity restraints were added.
データ登録者Bouvet, P. / Allain, F.H.-T. / Finger, L.D. / Dieckmann, T. / Feigon, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Recognition of pre-formed and flexible elements of an RNA stem-loop by nucleolin.
著者: Bouvet, P. / Allain, F.H. / Finger, L.D. / Dieckmann, T. / Feigon, J.
履歴
登録2001年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0951
ポリマ－7,0951
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 18all calculated structures submitted
代表モデルモデル #18lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*CP*C)-3'


分子量: 7095.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Made by in vitro transcription using Milligan templates.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
323H-N HMQC
2322D NOESY
4443D 13C-separated NOESY
454(H)CCH TOCSY
262DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: RNA was also assigned using U/C, A, and, G specifically labeled samples. Dieckmann, T., Feigon, J. J. Biomol. NMR 9 (1997) 259-272.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM sNRE 2-5 mM Na+ added for pH10% D2O 90% H2O, pH=6.0
21 mM sNRE 2-5 mM Na+ added for pH99.99% D2O
30.5 mM U-13C/15N sNRE 2-5 mM Na+ added for pH10 D2O 90% H2O
40.5 mM U-13C/15N sNRE 2-5 mM Na+ added for pH99.99% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1low (2-5 mM added Na+) 6 ambient 278 K
2low (2-5 mM added Na+) 6 ambient 303 K
3low (2-5 mM added Na+) 6 ambient 278 K
4low (2-5 mM added Na+) 6 ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XwinNMR2.6Bruker解析
Felix97Molecular Simulations Inc.データ解析
X-PLOR3.8Brunger & Nilges構造決定
X-PLOR3.8Brunger & Nilges精密化
精密化手法: Simulated annealing starting from randomized templates. Base planarity restraints were added.
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 18 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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