+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2g1z | ||||||||||||||||||
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Title | X-ray structure of the oligonucleotide sequence d(AAATTT) | ||||||||||||||||||
Components | 5'-D(*Keywords | DNA / oligonucleotide / adenine / thymine | Function / homology | DNA | Function and homology information Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.11 Å | Authors | Valls, N. / Santaolalla, A. / Campos, J.L. / Subirana, J.A. | Citation | Journal: J.Biomol.Struct.Dyn. / Year: 2007 | Title: Packing features of the all-AT oligonucleotide d(AAATTT). Authors: Valls, N. / Santaolalla, A. / Campos, J.L. / Subirana, J.A. History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2g1z.cif.gz | 16.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2g1z.ent.gz | 11.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2g1z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/2g1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/2g1z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: DNA chain | Mass: 1807.241 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 25mM cacodylate, 100mM calcium chloride, 20mM lythium chloride, 0.5mM spermine, 32% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM16 / Wavelength: 0.984 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Nov 16, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.984 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→40 Å / Num. all: 1301 / Num. obs: 1284 / % possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rsym value: 0.062 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.165 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.11→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 24.117 / SU ML: 0.408 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.691 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.625 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.11→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.108→3.187 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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