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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hzp | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Myobacterium Tuberculosis Beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthase III | ||||||
![]() | 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE III | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III / beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid elongation / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity ...mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III / beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid elongation / secondary metabolite biosynthetic process / lipid biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scarsdale, J.N. / Kazanina, G. / He, X. / Reynolds, K.A. / Wright, H.T. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III 著者: Scarsdale, J.N. / Kazanina, G. / He, X. / Reynolds, K.A. / Wright, H.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1eblS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34903.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A574, UniProt: P9WNG3*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I #2: 化合物 | ChemComp-DAO / | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: PEG4000, Tris/HCl. 300mM NaCl, glycerol, 10mM CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic Confocal optics |
放射 | モノクロメーター: Osmic Confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.1→99 Å / Num. all: 37716 / Num. obs: 37503 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1860 / % possible all: 99 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: poly alanine chain based on residues 1-317 from E Coli FabH (RCSB entry 1EBL) 解像度: 2.1→30.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 797513.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.46 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 31.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.319 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.281 / Rfactor obs: 0.281 |