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- PDB-1hlx: P1 HELIX NUCLEIC ACIDS (DNA/RNA) RIBONUCLEIC ACID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hlx
タイトルP1 HELIX NUCLEIC ACIDS (DNA/RNA) RIBONUCLEIC ACID
要素RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*AP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*CP*CP*C)-3')
キーワードRNA (リボ核酸) / DOUBLE HELIX / GROUP I / SELF-SPLICING INTRON / UUCG TETRALOOP HAIRPIN / WOBBLE PAIR
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR
データ登録者Allain, F.H.-T. / Varani, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of the P1 helix from group I self-splicing introns.
著者: Allain, F.H. / Varani, G.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1995
タイトル: Divalent Metal Ion Binding to a Conserved Wobble Pair Defining the Upstream Site of Cleavage of Group I Self-Splicing Introns
著者: Allain, F.H.-T. / Varani, G.
履歴
登録1995年5月3日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*AP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3771
ポリマ－6,3771
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with the least restraint violations
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*AP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*CP*CP*C)-3') / P1


分子量: 6376.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IN VITRO TRANSCRIPTION / キーワード: RIBONUCLEIC ACID

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE RNA SAMPLE WAS OBTAINED BY IN VITRO TRANSCRIPTION USING THE T7 RNA POLYMERASE AND A DOUBLE STRANDED DNA TEMPLATE. THE RNA WAS THEN PURIFIED BY GEL ELECTROPHORESIS.

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: NUMBER OF ATOMS USED IN REFINEMENT. NUMBER OF PROTEIN ATOMS 0 NUMBER OF NUCLEIC ACID ATOMS 637 NUMBER OF HETEROGEN ATOMS 0 NUMBER OF SOLVENT ATOMS 0 X-PLOR STANDARD BOND LENGTHS AND ANGLES. ...詳細: NUMBER OF ATOMS USED IN REFINEMENT. NUMBER OF PROTEIN ATOMS 0 NUMBER OF NUCLEIC ACID ATOMS 637 NUMBER OF HETEROGEN ATOMS 0 NUMBER OF SOLVENT ATOMS 0 X-PLOR STANDARD BOND LENGTHS AND ANGLES. ANGLES IN THE SUGAR RING WERE MODIFIED ACCORDING TO THE VALUES FOUND IN "PRINCIPLE OF NUCLEIC ACID STRUCTURE" BY SAENGER. STARTING WITH 30 STRUCTURES WITH RANDOMIZED BACKBONE TORSION ANGLES, 20 STRUCTURES WERE FOUND TO HAVE CONVERGED AFTER A PERIOD OF SIMULATED ANNEALING WITH ONLY NOE-DERIVED (581) AND H-BOND CONSTRAINTS (20) FOLLOWED BY A PERIOD OF REFINEMENT WHERE 100 DIHEDRAL CONSTRAINTS DERIVED FROM J COUPLING ANALYSIS AND PHOSPHORUS CHEMICAL SHIFT VALUE WERE ADDED. NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS AND 0-2 NOE VIOLATIONS BETWEEN 0.1 - 0.3 ANGSTROMS WERE FOUND IN EACH OF THE 20 CONVERGED STRUCTURES.
NMR constraintsNOE constraints total: 581 / Hydrogen bond constraints total count: 20
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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