[日本語] English
万見
- PDB-1gy8: Trypanosoma brucei UDP-galactose 4' epimerase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gy8
タイトルTrypanosoma brucei UDP-galactose 4' epimerase
要素UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / EPIMERASE / GALACTOSE (ガラクトース) / TRYPANOSOMA BRUCEI (ブルーストリパノソーマ)
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ / UDP-glucose 4-epimerase activity / galactose metabolic process / glycosome / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shaw, M.P. / Bond, C.S. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2003
タイトル: High-Resolution Crystal Structure of Trypanosoma Brucei Udp-Galactose 4'-Epimerase: A Potential Target for Structure-Based Development of Novel Trypanocides
著者: Shaw, M.P. / Bond, C.S. / Roper, J.R. / Gourley, D.G. / Ferguson, M.A.J. / Hunter, W.N.
履歴
登録2002年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
B: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
C: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
D: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,49712
ポリマ－175,2264
非ポリマー4,2708
水23,1491285
1
A: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
B: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7486
ポリマ－87,6132
非ポリマー2,1354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
D: UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7486
ポリマ－87,6132
非ポリマー2,1354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.185, 112.533, 160.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.30257, 0.792, 0.53027), (0.81494, -0.07355, 0.57485), (0.49429, 0.60608, -0.62318)-11.65633, -54.35715, 101.17298
2given(-0.9989, 0.03333, 0.03305), (-0.03349, -0.99943, -0.00407), (0.03289, -0.00518, 0.99945)96.55656, 115.93054, -24.49414
3given(0.33066, -0.78699, -0.52088), (-0.80617, 0.05141, -0.58944), (0.49066, 0.61483, -0.61744)110.19384, 169.35269, 77.84708

-
要素

#1: タンパク質
UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE


分子量: 43806.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q8T8E9, UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / ウリジン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED WITH NAD AND UDP, FROM 100M HEPES PH7.0, 14% PEG8000, 200MM KCL, pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlenzyme1drop
25 mMNAD+1drop
35 mMUDP1drop
450 mMTris-HCl1droppH7.5
5100 mMHEPES1reservoirpH7.0
614 %PEG80001reservoir
7200 mM1reservoirKCl
83 %PEG4001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.009
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 112132 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.09
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / % possible all: 59.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 417521
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 59.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EK6

1ek6


解像度: 2→100 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 5611 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 112166 89.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.23 Å20 Å20 Å2
2---4.35 Å20 Å2
3---7.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11411 0 276 1285 12972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rfactor Rwork: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.284

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る